PSI-BLAST
Для выполнения данного задания был выбран идентификатор белковой последовательности - P74518 - Ribosome hibernation promotion factor - фактор гибернации рибосомы, который стимулирует и стабилизирует димеризацию 70S рибосом во время стационарной фазы, приводя к образованию инактивированных 100S рибосом.
Результаты PSI-BLAST
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 24 | P33987.1 | 3e-05 | Q65SX3.1 | 4.8 |
| 2 | 28 | P9WMA8.1 | 3e-06 | Q5K2N3.3 | 0.15 |
| 3 | 28 | P24694.1 | 2e-20 | Q0BSD5.2 | 0.065 |
| 4 | 28 | P24694.1 | 2e-20 | Q0BSD5.2 | 0.15 |
После проведения 3 итераций результат стабилизировался. Разница между лучшей находкой ниже порога и худшей находкой выше порога около 18 порядков. Это достаточно значительная разница. Значит, полученную выборку можно считать семейством гомологичных белков.
Prosite
Для задания было использовано семейство 30S рибосомных белков S2. Поиск проводился по ID RS2_SALTY. Было найдено два паттерна:
PS00962, координаты в белке 6-17
MRDMLKAGVHFG
Консенсусная формула:
[LIVMFA]-x-{GPRV}-[LIVMFYC](2)-{LPC}-[STAC]-[GSTANQEKR]-[STALV]-[HY]-[LIVMF]-G
PS00963, координаты в белке 158-182
PDALFVIDADHEHIAIKEANNLGIP
Консенсусная формула:
P-x(2)-[LIVMF](2)-[LIVMS]-x-[GDN]-x(3)-[DENL]-x(3)-[LIVM]-x-E-x(4)-[GNQKRH]-[LIVM]-[AP]
Для дальнейшей работы был взят первый паттерн PS00963
С помощью выравнивания была получена более строгая формула паттерна:
M-R-[DEQ]-[ML]-[LI]-[QEK]-A-G-V-H-F-G-H-Q-T-R
Паттерн увеличился на 4 позиции.
При сравнении с "правильными" данными было выявлено очень много ложноположительных результатов, почти в половину болше чем реально положительных, а ложноотрицательных наоборот было очень мало.
| TP | FP | FN |
| 370 | 668 | 34 |
©Шкарина Анастасия Николаевна 2016