Контакты белка с лигандом

Контакты сульфат-иона с белком RNPH_BACSU

Для исследования выбран лиганд — сульфат-ион под номером 301.

#	Имя атома контакта	Имя контактирующего атома белка	Расстояние в A	Предположительная природа контакта
1	O2	ARG86:A.NH2 (азот гуанидиновой группы радикала аргинина)	3.18	Электростатическое взаимодействие?
2	O3	GLY124:A.N (амидный азот глицина)	3.23	Водородная связь?
3	O3	THR125:A.N (амидный азот треонина)	3.02	Электростатическое взаимодействие?
4	O4	THR125:A.N (амидный азот треонина)	3.34	Водородная связь?
5	O3	THR125:A.OG1 (кислород гидроксильной группы радикала треонина)	2.99	Электростатическое взаимодействие?
6	O4	ARG126:A.N (амидный азот аргинина)	2.85	Электростатическое взаимодействие?
7	O4	ARG126:A.NE (азот гуанидиновой группы радикала аргинина)	3.21	Водородная связь?
8	O2	ARG126:A.NH2 (азот гуанидиновой группы радикала аргинина)	3.45	Водородная связь?

В ## 2, 4, 7, 8 имеет место водородная связь по типу N–H ... :O (руководствуюсь только расстоянием — больше 3.2 A и меньше 3.5 A).
Однако гуанидиновая группа аргинина в нейтральной среде протонирована (заряжена положительно причем положительный заряд делокализован на все атомы азота группы). Поэтому в #1 существует электростатическое взаимодействие (расстояние меньше 3.2 A).
В #3 и #6 также возможно существование именно электростатического взаимодействия: расстояние меньше 3.2 A, атом азота пептидной группы имеет положительный заряд (правда, лишь в одной из двух резонансных форм амидной группы).
В #5 расстояние хоть и меньше 3.2 A (намек на электростатическое взаимодействие), но, т. к. положительного заряда на атоме кислорода гидроксогруппы нет, здесь возможна только водородная связь по типу O–H ... :O.

Скрипт для получения изображения