7. Классификация ферментов EC

1. Информация о ферменте MECR_HUMAN

EC-код: 1.3.1.38.

Класс EC 1: оксидоредуктазы. Подкласс EC 1.3: действующие на CH---CH группу доноров. Подподкласс EC 1.3.1: с НАД⁺ или НАДФ⁺ в качестве акцептора. Порядковый номер 38: транс-2-еноил-КоА-редуктаза (НАДФ).

Схема реакции, катализируемая ферментом MECR_HUMAN:

ацил-КоА + НАДФ⁺ = транс-2,3-дегидроацил-КоА + НАДФH + H⁺

2. Насколько сохраняется функция фермента MECR_HUMAN у белков со сходными последовательностями

С помощью SRS ищу в БД Swiss-Prot белки, относящиеся к классу EC 1.

Всего нашлось 536 белков (последовательности в Fasta-формате, таблица с EC-кодами), среди них в подкласс EC 1.3 попали 46, в подподкласс EC 1.3.1 --- 23, а порядковый номер EC 1.3.1.38 имеют 3 белка.

С помощью программы blastp нахожу среди этих белков схожие по последовательности с белком MECR_HUMAN. При пороге по E-value, равном 1, программа выдает 17 находок; при пороге, равном 10, --- 22 находки. Из найденных последовательностей 14 можно считать гомологичными запросу (их E-value < 0.001).

Таблица, отражающая, насколько "сохраняется код EC" в зависимости от позиции в выдаче blastp:

Находка	E-value	EC
MECR_MOUSE	2e-180	1.3.1.38
VAT1L_MOUSE	3e-15	1.-.-.-
QOR_MOUSE	5e-14	1.6.5.5
QORL2_MOUSE	8e-13	1.-.-.-
VAT1_MOUSE	5e-12	1.-.-.-
ADH7_MOUSE	1e-09	1.1.1.1
ADH1_MOUSE	2e-09	1.1.1.1
ZADH2_MOUSE	1e-08	1.-.-.-
FAS_MOUSE	2e-08	2.3.1.85, 2.3.1.38, 2.3.1.39, 2.3.1.41, 1.1.1.100, 4.2.1.61, 1.3.1.10, 3.1.2.14
ADHX_MOUSE	6e-08	1.1.1.1, 1.1.1.-, 1.1.1.284
PTGR1_MOUSE	3e-07	1.3.1.-, 1.3.1.48, 1.3.1.74
ADH4_MOUSE	8e-07	1.1.1.1
QORL1_MOUSE	2e-05	1.-.-.-
DHSO_MOUSE	5e-04	1.1.1.14
RDH14_MOUSE	0.12	1.1.1.-
DHI1_MOUSE	0.40	1.1.1.146
RDH13_MOUSE	0.50	1.1.1.-
ACD10_MOUSE	1.4	1.3.99.-
DHR11_MOUSE	2.5	1.-.-.-
RDH12_MOUSE	3.7	1.1.1.-
RDH11_MOUSE	6.3	1.1.1.300
DHR13_MOUSE	8.9	1.1.-.-