Практическая работа 3

Задание 1

Сгенерированные структуры ДНК A, B и Z формы можно скачать по ссылкам: А, В и Z.

Задание 2

На Рис. 1 представлено азотистое основание гуанин. В сторону большой бороздки обращены атомы с номерами(окрашены в красный): DG`9/N7, DG`9/C5, DG`9/C6, DG`9/C8, DG`9/O6, DG`9/N1. В сторону малой бороздки обращены атомы(окрашены в синий): DG`9/C2, DG`9/N2, DG`9/N3, DG`9/C4, DG`9/N9.

**Рис. 1. Азотистое основание гуанин в составе ДНК**

В Табл. 1 и Табл. 2 представлено сравнение различных параметров разных форм ДНК, полученных экспериментально и теоритически.

**Табл. 1. Параметры A, B и Z форм ДНК, полученных теоритически** (в скобках указаны номера атомов, по которым мерились ширины бороздок)

**Табл. 2. Параметры A, B и Z форм ДНК, полученных экспериментально** (в скобках указаны номера атомов, по которым мерились ширины бороздок)

Задание 3

Анализ структуры тРНК(1n78) проводился с помощью программ find_pair и analyze. Выходной файл доступен по ссылка. В Табл. 3 представлены координаты стеблей в структуре исследуемой РНК.

**Табл. 3.Координаты стеблей тРНК(1n78)**

Неканонические пары оснований: 502.G-U.571, 554.U-A.558, 555.U-G.518, 538.A-C.532, 544.A-G.526, 513.U-G.522, 508.U-A.546, 514.A-A.521, 515.G-C.548 .

Некоторые дополнительные водородные связи: 555.U-G.518, 515.G-C.548, 519.G-C.556, 514.A-A.521, 508.U-A.546.

На Рис. 2 представлены две наиболее перекрывающиеся пары нуклеотидов.

**Рис. 2. Наиболее эффективное стекинг-взаимодействие**