Практикум 1. Визуализация молекул в J(S)Mol
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
# | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-O-C (°) |
Альфа-спирали | |||
1 | N(370GLU)--O(338PRO) | 2,98 | 150,3 |
2 | N(315HIS)--O(287SER) | 2,98 | 160,8 |
3 | N(427GLU)--O(401VAL) | 3,35 | 143,9 |
4 | N(390ASP)--O(364GLU) | 3,42 | 148,1 |
5 | N(379ALA)--O(345ILE) | 2,89 | 157,6 |
Бета-тяжи | |||
1 | N(136GLY)--O(163LEU) | 2,77 | 158,0 |
2 | N(163LEU)--O(134ILE) | 2,80 | 166,8 |
3 | N(161ALA)--O(132ARG) | 3,77 | 130,1 |
4 | N(165ALA)--O(136GLY) | 2,90 | 169,9 |
Данные таблицы были получены с помощью измерений в программе Jmol. По результатам измерений средняя длина водородной связи в альфа-спиралях составила 3,014 Ангстрем, а угол - 157,94°. В бета-тяжах средняя длина водородной связи составляет 3,06 Ангстрем, а угол - 156,2°. В соответствии со стандартами, длина водородной связи приблизительно составляет 3,5 Ангстрема, а угол - 180°, с возможными отклонениями в 35-40°. Среди измеренный самая длинная связь имеет длину в 3,77 Ангстрема, а самый большой угол составил 169,9°. По полученным данным можно утверждать, что характеристики водородных связей не сильно отклоняются от нормы.