Матрицы аминокислотных замен. Карта локального сходства.
1. Карта локального сходства двух полипротеинов
Для выполнения задания использовалась информация о полипротеинах вирусов Poliovirus type 1 (strain Sabin) (AC P03301) и Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (AC P03306).
Карта локального сходства P03301.3 и P03306.2
Таблица 1. Характеристики двух лучших выравниваний.
| # | Score (bits) | Identity, % | Similarity, % | Gaps | Length from P03301.3 | Length from P03306.2 |
| 1 | 644 (252) | 29% | 49% | 59 | 615 | 644 |
| 2 | 398 (157) | 37% | 51% | 26 | 277 | 263 |
В скобках буду приведены координаты белков в полипротеинах. Белками, которые попали в первое выравнивание у вируса полиомелита оказались Protease 3C (1566-1747) и RNA-directed RNA polymerase (1748-2209); у ящура - Picornain 3C (1650-1862) и RNA-directed RNA polymerase 3D-POL (1863-2332). Во второе выравнивание у обоих вирусов попал белок 2C, координаты 1128-1456 и 1108-1425 у полиомелита и ящура соответственно.
2. Сравнение веса выравнивания со случайным. Таблица 2.
| Homology | Score | Median (after shuffle) | Upper quartile (after shuffle) | Score in bits | p-value |
| Yes | 1718 | 61.25 | 71.5 | 162.63 | 1.10*10-49 |
| No | 37,5 | 59.5 | 65.5 | -2.67 | 6.35 |
3. BLAST: поиск гомологов в банке.
Поиск произвдился программой BLAST для белка Short-chain dehydrogenase (AC: ALX10644.1) из бактерии Burkholderia cepacia strain JBK9. Было найдено 50 белков, из них были выбраны лучшие выравнивания. Данные о белках представлены в таблице 3. Результаты выравниваний в таблице 4.
| # | ID | AC | Organism |
| 1 | CSGA_MYXXA | P21158.1 | Myxococcus xanthus |
| 2 | YCP9_SCHPO | Q7Z9I2.1 | Schizosaccharomyces pombe 972h- |
Таблица 4. Данные выравниваний.
| # | Identity, % | Similarity, % | ALX10644.1 length in alignment, AA | The found protein length in alignment, AA | Gaps | Score (bits) | Expect | Coverage in ALX10644.1, % |
| 1 | 42% | 53% | 135 | 135 | 6 | 216 (87.8) | 10-20 | 60% |
| 2 | 29% | 44% | 219 | 243 | 46 | 182 (74.7) | 6*10-15 | 97,33% |