Практикум 12. Выравнивание выравниваний

Описание работы.

В ходе радоты были произведены выравниваний белков с мнемониками ARAB_ECOLI и ARAB_BACSU 3 способами: множественное программой MUSCLE вместе с другими белками с мнемоникой ARAB* (остальные выравнивания были удалены), парные программами NEEDLE и WATER. Затем в JalView было проведено сравнение полученных выравниваний. В проекте выравнивания перечислены в соответствии с программами: MUSCLE, NEEDLE и WATER. Загрузить материалы

Отличие 1.

Вначале может показаться, что все глицины в выравнивании на месте 91 гомологичны друг другу. Однако оказывается, что при перечислении номеров аминокислот можно заметить, что для одного и того же белка в разных выравниваниях номера не совпадают. На 91 позиции находятся глицины с номерами 84, 88, 82, 86, 82 и 86.

Отличие 2.

На 244 месте пролин чередуется с лизином у сенной и кишечной палочек соответственно. Номера сверху вниз: PRO 237, LYS 234, PRO 235, LYS 232 (для WATER и NEEDLE совпадают). Пролин 235 и лизин 232 оказываются в случае выравнивания программой MUSCLE на 242 позиции.

Отличие 3.

На 305 месте находятся тирозины. Номера по порядку (для WATER и NEEDLE совпали): 297, 295, 295, 293. Тирозины с номерами 295 и 293 для выравнивания MUSCLE оказались на 303 месте.

Вывод.

Выравнивания, сделанные программами WATER и NEEDLE друг от друга практически не отличадись, кроме размеров выравниваний, что логично, так как программой WATER произовдится локальное выравнивание, а NEEDLE - глобальное. Что касается множественного выравнивания программой MUSCLE, то все отличия, рассмотренные в практикуме, связаны именно с ним.