Сравнение протеомов Zobellia galactanivorans и Escherichia coli

Таблица 1. Сравнение общей информации о протеомах Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CCUG 47099 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) и Escherichia coli (strain K12).

	Z.galactanivorans	E.coli
Proteome ID	UP000008898	UP000000625
Число белков	4711	4313
Число аминокислот	1662596	1351619

Таблица 2. Сравнение частот встречаемости аминокислот.

Остаток	Z.galactanivorans	E.coli	Разность
L	9,2322%	8,6790%	0,5533%
K	7,2196%	3,5817%	3,6379%
G	7,0959%	5,9919%	1,1040%
I	6,9943%	4,8857%	2,1086%
A	6,6752%	7,7325%	-1,0573%
E	6,6588%	4,6875%	1,9713%
S	6,5017%	4,7124%	1,7893%
V	6,3274%	5,7501%	0,5773%
D	6,0099%	4,1860%	1,8238%
T	5,7706%	4,3851%	1,3855%
N	5,6054%	3,2005%	2,4049%
F	5,0276%	3,1646%	1,8630%
Y	4,1073%	2,3126%	1,7947%
R	3,7531%	4,4864%	-0,7333%
P	3,7400%	3,6000%	0,1400%
Q	3,2725%	3,6123%	-0,3398%
M	2,2200%	2,2946%	-0,0746%
H	1,8527%	1,8436%	0,0091%
W	1,1973%	1,2453%	-0,0480%
C	0,7385%	0,9438%	-0,2052%
U	0,0000%	0,0002%	-0,0002%
X	0,0000%	0,0005%	-0,0005%

Комментарий к таблице. У Z.galactanivorans 3 наиболее часто встречающихся остатка - это лейцин, лизин и глицин. У E.coli - лейцин, аланин и глицин. Наименее распространены у Z.galactanivorans цистеин, триптофан и гистидин; у киечной палочки это также наименее распространенные остатки. В протеоме Z.galactanivorans на 3,64% больше лизина, чем в протеоме кишечной палочки. Аланина же у кишечной палочки на 1,06% процентов больше. Это самые значительные расхождения по частотам встречаемости аминокислотных остатков в протеоме. Остатки селеноцистеина при подсчете игнорировались.

Обработка данных. Протеомы организмов были получены из раздела Proteomes базы данных UniProt в формате fasta. Подсчет числа встреч каждого остатка производился с помощью скрипта на Python. Затем полученные данные были обработаны в Excel. Скачать материалы.