Выравнивание последовательностей белков кишечной и сенной палочек
Общая информация.
В выравниваниях использовались последовательности белков бактерий Escherichia coli (strain K12) (мнемоника ECOLI) и Bacillus subtilis (strain 168) (мнемоника BACSU). Программы для выравнивания needle и water запускались со стандартными параметрами, а именно, gap_penalty: 10.0 и extend_penalty: 0.5. Были выбраны белки с мнемнониками, встречающимися у обоих организмов с мнемониками: 6PGD, ARAB и ARTM. Ниже приведены результаты выравниваний.
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating* | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718.0 | 70.0% | 83.4% | 3 | 3 |
| Ribulokinase | ARAB_ECOLI | ARAB_BACSU | 769.0 | 30.6% | 48.7% | 56 | 11 |
| Arginine ABC transporter permease protein ArtM* | ARTM_ECOLI | ARTM_BACSU | 19.5 | 8.3% | 14.6% | 262 | 14 |
Замечание: в таблице приведены названия белков, соответствующие мнемонике E.coli. Названия белков, помеченных (*) у сенной палочки отличаются. Названия у сенной палочки соответственно: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating и Arginine transport ATP-binding protein ArtM. Судя по выравниванию, белки с мнемониками ARTM негомологичны друг другу ввиду сильных различий.
Таблица 2. Локальное парное выравнивание пар белков.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating* | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719.0 | 70.1% | 83.6% | 3 | 3 | 99.8% | 99.8% |
| Ribulokinase | ARAB_ECOLI | ARAB_BACSU | 776.0 | 31.9% | 50.2% | 44 | 13 | 97.2% | 95.4% |
| Arginine ABC transporter permease protein ArtM* | ARTM_ECOLI | ARTM_BACSU | 29 | 60.0% | 70.0% | 0 | 0 | 4.5% | 4.2% |
Таблица 3. Выравнивание негомологичных белков.
| Type | Protein 1 | Protein 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Global | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | Ribulokinase | 6PGD_ECOLI | ARAB_BACSU | 37.5 | 14.5% | 26.6% | 258 | 31 | 100% | 100% |
| Local | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | Ribulokinase | 6PGD_ECOLI | ARAB_BACSU | 59.0 | 20.0% | 31.9% | 126 | 25 | 67.9% | 58.0% |
Замечание: как и следовало ожидать, белки с разными мнемониками сильно отличаются друг от друга. Однако это выравнивание обладает большим весом, нежели выравнивание белков с мнемоникой ARTM, которые, несмотря на одинаковую мнемонику, скорее всего, негомологичны.
Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview.
Глобальное выравнивание белков ARAB_ECOLI и ARAB_BACSU в виде проекта Jalview. Загрузить.