Трансмембранные белки
База данных OPM
Таблица 1. Описание трансмембранных белков из базы данных OPM
| PDB ID | 5G53 | 4QL0 |
| Название | Adenosine receptor A2a | Filamentous hemagglutinin transporter FhaC |
| Толщина гидрофобной части мембраны |
33.6 ± 2.2 Å | 23.2 ± 0.9 Å |
| Координаты трансмембранных спиралей |
8-28, 43-68, 76-104, 119-141, 174-200, 232-256, 267-288 | 212-218, 231-238, 246-253, 267-276, 279-286, 309-318, 326-334, 355-364, 369-379, 403-413, 419-430, 463-476), 483-493, 510-519, 522-529, 546-552 |
| Среднее количество остатков в спирали или тяже |
24,7 | 9,6 |
| Мембрана | Плазматическая мембрана эукариот | Внешняя Грам-отрицательная мембрана бактерий |
| Изображение |  |
 |
Анализ предсказания трансмембранных спиралей
Для выполнения данного задания использовался белок с PDB ID 5G53 и Uniprot ID AA2AR_HUMAN.
Результаты работы TMHMM
В тех строках, где указаны трансмембранные участки, в таблицу были добавлены данные, известные из структуры белка.# sp|P29274|AA2AR_HUMAN Length: 412 # sp|P29274|AA2AR_HUMAN Number of predicted TMHs: 7 # sp|P29274|AA2AR_HUMAN Exp number of AAs in TMHs: 158.49557 # sp|P29274|AA2AR_HUMAN Exp number, first 60 AAs: 39.7329 # sp|P29274|AA2AR_HUMAN Total prob of N-in: 0.00037 # sp|P29274|AA2AR_HUMAN POSSIBLE N-term signal sequence sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 outside 1 9 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 TMhelix 10 32 PDB: 8 28 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 inside 33 43 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 TMhelix 44 66 PDB: 43 68 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 outside 67 75 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 TMhelix 76 98 PDB: 76 104 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 inside 99 120 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 TMhelix 121 143 PDB: 119 141 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 outside 144 178 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 TMhelix 179 201 PDB: 174 200 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 inside 202 229 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 TMhelix 230 252 PDB: 232 256 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 outside 253 266 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 TMhelix 267 289 PDB: 267 288 sp|P29274|AA2AR_HUMAN TMHMM2.0 inside 290 412
Вероятности нахождения аминокислотного остатка в мембране (красный график), внутри (синий график) или снаружи (фиолетовый график) в зависимости от номера остатка.
Как можно увидеть из текстового результата работы программы, сервис точно предсказал число трансмембранных участков, а также с максимальной ошибкой в 6 остатков предсказал, где по отношению к мембране какие участки расположены.
Результат работы Phobius
ID sp|P29274|AA2AR_HUMAN FT TOPO_DOM 1 5 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 6 32 PDB: 8 28 FT TOPO_DOM 33 43 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 44 66 PDB: 43 68 FT TOPO_DOM 67 77 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 78 100 PDB: 76 104 FT TOPO_DOM 101 120 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 121 143 PDB: 119 141 FT TOPO_DOM 144 177 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 178 202 PDB: 174 200 FT TOPO_DOM 203 234 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 235 258 PDB: 232 256 FT TOPO_DOM 259 269 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 270 290 PDB: 267 288 FT TOPO_DOM 291 412 CYTOPLASMIC.
Вероятности нахождения аминокислотного остатка в мембране (серый график), в цитоплазме (зеленый график) или снаружи (синий график) в зависимости от номера остатка.
Как можно увидеть из текстового результата работы программы, сервис точно предсказал число трансмембранных участков, а также с максимальной ошибкой в 4 остатка предсказал, где по отношению к мембране какие участки расположены.
База данных TCDB
Оба белка были найдены в базе данных TCDB.
TCID для 5G53 ("спиральный" белок): 9.A.14.3.8. Расшифровка:
- 9: класс неполностью охарактеризованных систем транспорта
- 9.A: подкласс, в котором хотя бы один из белков семейства доказанно является транспортным
- 9.A.14: семейство рецепторов, сопряжённых с G-белком
- 9.A.14.3: подсемейство
- 9.A.14.3.8: Adenosine receptor A2a
4QLO ("бочка") иммет TCID 1.B.20.1.6. Расшифровка:
- 1: класс каналов/пор
- 1.B: подкласс бета-бочечных поринов
- 1.B.20: The Two-partner Secretion (TPS) Family
- 1.B.20.1: подсемейство
- 1.B.20.1.6: FhaC