from IPython.display import Image, display
На основе одного липида, который показан ниже, создали куб из 4x4x4 липидов (всего 64), который показан еще ниже.
display(Image('prac11/one.png'), Image('prac11/grid.png'))
Добавили в ячейку дополнительно примерно 2500 молекул воды. Провели оптимизацию системы, чтобы удалить "плохие" контакты молекул.
Начальное значение максимальной силы: 4.37970e+05
Конечное значение максимальной силы: 3.58259e+02
Соответственно, сила уменьшилась в 1222.5 раз.
Произвели "утряску" воду, которая прошла успешно спустя 3 взрыва системы. Было трудно заметить изменения в PyMol lkя случае до и после, однако, в виде поверхности стало заметно, что структура стала более упорядоченной (нижний рисунок, заметен четкий паттерн), а до "утряски" молекулы воды были расположены более хаотично (верхний рисунок).
display(Image('prac11/chaos.png'), Image('prac11/order.png'))
Затем были запущены тестовые расчеты на суперкомпьютере Ломоносов с номером задачи 1285812. Файл output.log оказался пустым, а в конце файла error.log указано, что задача была отменена из-за превышения лимита по времени.