Филогенетическое деревоФилогенетическое деревоИз списка бактерий были выбраны следующие виды:
Название |
Мнемоника |
Rhizobium etli |
RHIEC |
Burkholderia cenocepacia |
BURCA |
Ralstonia pickettii |
RALPJ |
Pseudomonas aeruginosa |
PSEAE |
Escherichia coli |
ECOLI |
Yersinia pseudotuberculosis |
YERPS |
Haemophilus influenzae |
HAEIN |
Pasteurella multocida |
PASMU |
Скобочная формула филогенетического дерева этих бактерий:
(RHIEC, ((BURCA, RALPJ), (PSEAE, ((ECOLI, YERPS), (HAEIN, PASMU)))));
Изображение данного дерева:
Дерево содержит несколько нетривиальных ветвей:
1) {BURCA, RALPJ} против {RHIEC, PSEAE, ECOLI, YERPS, HAEIN, PASMU}
2) {BURCA, RALPJ, RHIEC} против {PSEAE, ECOLI, YERPS, HAEIN, PASMU}
3) {BURCA, RALPJ, RHIEC, PSEAE} против {ECOLI, YERPS, HAEIN, PASMU}
4) {BURCA, RALPJ, RHIEC, PSEAE, HAEIN, PASMU} против {ECOLI, YERPS}
5) {BURCA, RALPJ, RHIEC, PSEAE, ECOLI, YERPS} против {HAEIN, PASMU}
При помощи таксономического сервиса NCBI было определено, к каким таксонам относятся данные организмы. Ниже представлена таблица с полученными данными.
Название |
Мнемоника |
Таксономия |
Rhizobium etli |
RHIEC | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium |
Burkholderia cenocepacia |
BURCA | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex |
Ralstonia pickettii |
RALPJ | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia |
Pseudomonas aeruginosa |
PSEAE | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group |
Escherichia coli |
ECOLI | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia |
Yersinia pseudotuberculosis |
YERPS | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex |
Haemophilus influenzae |
HAEIN | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus |
Pasteurella multocida |
PASMU | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella |
Присутствуют следующие нетривиальные ветви, выделяющие определённые таксоны:
{BURCA, RALPJ} - выделяет бактерии класса Betaproteobacteria
{PSEAE, ECOLI, YERPS, HAEIN, PASMU} - бактерии класса Gammaproteobacteria
{ECOLI, YERPS} - бактерии отряда Enterobacteriales
{HAEIN, PASMU} - бактерии отряда Pasteurellales