Краткое описание генома Botrytis porri RNA virus 1

Главная Семестры Обо мне Cайт ФББ МГУ

Botrytis porri RNA virus 1 (BpRV1) – недавно открытый вирус, поражающий аскомицет Botrytis porri[1] - гриб из рода Botrytis, в свою очередь паразатирующий на растениях из семейства Лилейные (лук-порей и чеснок). Полный геном вируса состоит из 12094 нуклеотидов. Филогенетический анализ показал, что BpRV1 принадлежит таксону, отдельному от таксона, содержащиго других известных РНК вирусов - микофагов. Геном вируса представлен двумя линейными одвуцепочечными молекулами РНК. Стадия ДНК отсутсвтует [2]. Основные параметры генома вируса представлены в Таблице 1. Аминокислотная последовательность самого короткого полипротеина[3] Botrytis porri RNA virus 1 представлена ниже.

Данный вирус, к сожалению, не описан подробно как в русскоязычных, так и в зарубежных статьях. И в связи с тем, что названия большинства вирусов берут свое начало от географического названия места их выделения, использование названий в русской транскрипции не всегда уместно. Поэтому мы имеем только латинское название Botrytis porri RNA virus 1 и общепринятую аббревиатуру BpRV1

Таблица 1. Основные параметры генома вируса Botrytis porri RNA virus 1

Параметр Значение
Латинское название вируса Botrytis porri RNA virus 1
Русское название вируса -
Количество фрагментов в полном геноме 2
Общая длина генома (п.н.) 12094
Количество кодируемых в геноме белков 2


Последовательность аминокислот белка Botrytis porri RNA virus 1 
>YP_006390637.1 polyprotein
MKFKMPYNTQTASSAQEDNRVENVAKSSPRKTAQPKSKKVKAGKKAKRALAASKSHFDGY
CHMAFFEEKDRAAAASNLLAWPKAGAIKKYVEENKISLSTERVSALLLLAPEDVDAVVAY
HIVPGTLFPAEVLYSMADNVVVGGGVSGTNLAAYIVAYALMLCTYVCIAIARGATSDKES
NERRLATLGPKGFKPNKMPTKAERAGAAAAGIYKDAGGMTPVVQTLDNSATLWEAITNWK
VNDRLAQSEAYGRVIIQPSATRLISMTGALMAKMGKFKFTDTFSQLKPTLDPVDVALCWG
YNLDKLPTLRVGTAYTDKHSVNLWSYRPTSAQSRIKAVNTGIGYTSPRVSANQHIAGVTD
NADKLVDAKDYIVLGDMRKKVPSEWYKAGNVKAQFGDNHIGMLVQWLIMLWSVRQAEEQG
STCHVRASSSAAEKYTLNVVPAKNTNETTEVKIMEAVAHAWEWAIKAKPFDLVLPGDSAN
PIDIIHMMFLCGMLQDTTKFRYNKTDLSIVPTYYTYQTDIREYLRIPLCNSLKALSLVDL
SENEYLMTSGGLECIIIDYVRRMGLQDQLHNAQLIACSLIVSDISNSDSNLMGGIPKPNH
VQEYELWLSTRAQGRGTTLTLMQGESFALLFALLQIQRGVLIDVVAAKMIERVQSKGIPM
ISIAGEREAGIFLSEVLGSGASQLMSAWGSHMFGYVSAEQEKLLHTDAVMLTRYLEETFT
TGRLRPTSCMLAGTTIETGAMSLIWDEATRVKEATSVFVTKPVARMLSMLYSEKKNIFDT
EGLFMFNFTDFGTKNRDQRMTVSSTGLRRVGTIKGAPKMLYVGTVPAHNTMAXRLAHTGT
GPQLAAHYEPFFDQDAAANTVQTDLPIKAGPSGNTKMHKDEPVSVSQIKRPTGQRTRKNS
WVEFAKDALATAGRMVEGRSKDLQPVTPPRKDIYVEQMVYAQAPMYTRTMHPGSAYDAYH
NGVFDTLEELASEASARAQAAIDTMSEPEENKASEIITANPARINKHVNQMYAVADFEEY
EVVIAEEDQRGLYDHIKVVPTIGDGRCGVRALHAQMVAKGDMISLTEVYEVEAQVCGLEE
RRVAKQIWATDEVLALVARQYGYSLVMYQESNDEDPTIDKVRVIATGHNRYLEILSQPTH
WTAMKWDAEIDYADEETLRETIHAYLAEFGERAVPGAYSSEKGASGGEKDKVLFPAKTPK
AQKPFRSTPLSAADDEIIAAIEKSTPKSKQHSAADHYKWENKARVAVVGHPHRTGMTEFQ
NGAIGVSRYGARTWDQYVEEVAAVHGGISNKISEYSTAELDGTAISPSTLHLGVELSLTT
ERMIKHLAQGADDHYYEDTLNRFCDHYMIKPEDRDHLKNSHPRVPVLKALAGFAELPFAV
IEVDRSSEVMRLVRLHKYVPQHTARSRYQPTFLLYGNNLFYLRMGEFSDPNAITRKEGIA
AYLADVRTRYADSSYAAAQSTKSREEWFAAVDNKLAEMGIEPSAYKSVCSVAEMDMIFKK
GTGEGEDQKDKLTSNLERLAGALLFGGYRREARWMLYNAKDWMKEQLGYFPDDPSWINLR
VMAMLANAKGIKLWSINSSQRQITEWAANTAQNVIPATVYLARDGLTIYPCSMGTNAAKL
TSILRFNAHCKRLKDEHGSIPEPPSELPTIPDARVKTALAVGSVAAIALGGIAVGAIIAV
SVWTVYRKRVKAGSIGAAVNELVRGQNTATDAEFEQPLLAVEEKSVWDDGWSLSSANHDE
GEVMPDRLSQYTSMAVPLGGDPLGVTPAGPDNAAPVRSWTRAMLSKMN













 
   








    
 

 © Иванова Антонина, 2015