Управление скриптом[1] для встроенного апплета-визуализатора J(S)Mol осуществляется при помощи кнопок, расположенных непосредственно под ним.
По умолчанию данный апплет загружает из банка данных RCSB PDB
информацию о белке, с которым я работаю (PDB ID: 4WEO_A), и демонстрирует его структуру. Этот белок - ацетоин редуктаза, который имеется в частности у бактерии Burkholderia cenocepacia.
Таблица 1 содержит некоторые параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода. Даные получены при
помощи JMol. В частности, инструментами Measurements.
| # |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали |
| 1 |
N(262ARG)-O(258ALA) |
2.92 |
164.7 |
| 2 |
N(266ASP)-O(262ARG) |
2.99 |
147.4 |
| 3 |
N(254TRP)-O(250THR) |
2.95 |
151.4 |
| Бета-тяжи |
| 1 |
N(56PHE)-O(36LEU) |
2.71 |
170.2 |
| 2 |
N(38THR)-O(54GLN) |
2.89 |
158.7 |
| 3 |
N(50ASP)-O(42LYS) |
3.30 |
135.6 |
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
Полученные данные позволяют сделать некоторые выводы о параметрах, типичных для водородных связей вторичных структур белка. Хорошо прослеживается закономерность, которой,
с некоторыми отклонениями, но всё же подчиняется длина связи. Она довольно близка к 3Å (трём ангстремам).
Стоит также отметить то, что указанные длины в альфа-спиралях колеблются около этого значения намного меньше, нежели в бета-тяжах.
Углы N-O-C имеют слишком большой разброс, но, тем не менее, можно с уверенностью говорить о том, что
они являются тупыми и в среднем составляют 150°.
Полученные данные хорошо соотносятся с теоретически известными. А именно: длина водородной связи стремится к 3Å, а угол — к развёрнутому.
Длина действительно достаточно близка к трём, а вот углы сильно отклоняются от заявленного значения в 180°. Это может быть связано со взаимным влиянием между атомами такой большой молекулы, как
рассматриваемый белок. При этом достижение максимальной силы связи происходит при немного меньшем, чем 180° угле, что, собственно, и подтверждают мои результаты.
[1] ссылка на скрипт