Множественное выравнивание

Вертикальные блоки

Всего было найдено 4 вертикальных блока, где предположительно можно ожидать гомологию аминокислотных остатков.
Ссылка на jvp-проект

Гомологичные блоки

Были выбраны четыре последовательности, GCSH_ALKEH, H9UF26, W6RAZ7_9RHIZ и B9QFRB_TOXGV, так как показалось, что они имеют довольно схожую последовательность аминокислот.
Ссылка на jvp-проект

Подсчёт консервативных столбцов в вертикальном блоке

Был взят блок с 61 по 66 позиции для подсчёта абсолютно консервативных и абсолютно функционально консервативных столбцов. Результаты: Абсолютно консервативные: 50.0% Абсолютно функционально консервативные: 50.0%

Подсчёт позиций с гэпами в самом длинном участке за пределами блоков

Самый длинный участок, подходящий к критерию, заданному в условии, - это участок с 79 по 132 позиции. Длина этого участка - 53 колонки, где в 8 из них содержатся гэпы. Значит процент колонок с гэпами равен 15.1% от общего числа колонок на этом участке. Ссылка на jvp-проект

Консеснсус и LOGO

Рис. 1. LOGO блока 61-66.

Консенсус - это некоторая усреднённая последовательность аминокислот (в нашем случае), которая отражает регулярно встречающиеся в анализируемом массиве выравнивания аминокислоты. С помощью сервера и программы cons была получена следующая консенсусная последовательность.
Для создания своего LOGO потребовалось использовать данный сервис и команду Create your own logo, где необходимо ввести твою последовательность (блок).
На рисунке 1 видно, что синис цветом обозначены гидрофильные аминокислоты, чёрным - гидрофобные, а зелёным - нейтральные. Такая раскраска стоит по умолчанию.

Паттерн блока 61-66

L-G-[DE]-[LIV]-V-[FY]

Выравнивание последовательностей с заведомо негомологичной последовательностью

В качестве заведомо негомологичной последовательности была взята последовательность белка оксидоредуктазы B. cenocepacia. Как видно из рисунка ниже, некоторые колонки всё же окрашены, однако это является не более чем случайностью, потому что основные блоки не окрашены. Всего окраске подверглись 37 из 373 колонок (10%), что говорит о том, что случайно выбранная последоваетельность, действительно не гомологична ранее анализируемым.

ссылка на jvp-проект

Выравнивание заведомо негомологичных последовательностей

В таблице 1 показаны основные характеристики 5 последовательностей, взятых случайным образом из списка белков студентов 1 курса.

Таблица 1. Краткая информация о последовательностях
Идентификатор белка	Название организма	Функция белка
PHRA_AGRFC	Agrobacterium fabrum C58	Катализирует реакцию превращения циклобутадипиримидина в 2 пиримдиновых основания
O66728_AQUAE	Aquifex aeolicus VF5	Синтезирует поли-А хвост
Q8AAN6_BACTN	Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482	Катализирует реакцию синтеза фенилацетил-КоА
PGK_COXBU	Coxiella burnetii RSA 493	Катализирует реакцию превращения 1,3-БФГ в 3-ФГ
Q9RUU2_DEIRA	Deinococcus radiodurans R1	Репарация ДНК вследствие УФ, свободных радикалов; необходим для плазмидной рекомбинации

Картинка выравнивания 5 случайных последовательностей представлена ниже. Из выравнивания видно, что очень мало позиций, где находятся функционально/структурно похожие аминокислоты и нельзя найи ни одного блока, что говорит о негомологичности данных последовательностей. Так как блоки не обнаружены, 'X' придётся расствлять везде.

{ссылка на jvp-проект с 7 негомологичными последовательностями}
{ссылка на fasta-файл с 7 негомологичными последовательностями}