Парное выравнивание

Поиск в BLAST

По этой ссылке можно скачать параметры поиска потенциально гомологичных последовательностей белков в Blast. Программа выдавала более 20.000 последовательностей потенциально гомологичных белков, поэтому были введены некоторые фильтры. В таблице 1 представлена краткая информация о лучшей, случайных и худшей последовательностях.

Таблица 1. Краткое сравнение белков
Организм	Длина выравнивания	Bit score	Процент идентичных/сходных остатков, %	E-value	Выравнивание
Burkholderia cenocepacia	258	512 bits(1318)	98/99	0.0	Лучшее
Acinetobacter pittii	251	132 bits(332)	35/48	1e-38	Случайное
Acinetobacter baumannii	254	144 bits(363)	38/54	2e-43	Случайное
Acinetobacter baumannii	198	112 bits(281)	35/52	5e-31	Худшее

Ниже показано множественное выравнивание более 20 последовательностей, где на N-конце имеется большое количество гэпов:

Ссылка на jvp-проект

Глобальное и локальное выравнивание двух последовательностей

Были построены локальные выравнивания двух гомологичных последовательностей с помощью программы water и сервера BLAST и глобальные выравнивания с помощью программ needle и muscle.
Ссылка на jvp-проект программы water
Ссылка на jvp-проект сервера BLAST
Ссылка на jvp-проект программы needle
Ссылка на jvp-проект программы muscle
Ниже представлено выравнивание выравниваний полученных с помощью вышеперечисленных программ:

Ссылка на jvp-проект

Были построено локальное выравнивание двух заведомо негомологичных последовательностей с помощью программы water и глобальное выравнивание с помощью программы needle.
Ниже представлено выравнивание выравниваний полученных с помощью вышеперечисленных программ:

Ссылка на jvp-проект