Занятие 11.Пространственное выравнивание и совмещение
-
Построим в PyMOL командой align три совмещения
следующих структур: цепи A из записи 1HY0 и цепи A из записи 1I0A (согласно CATH).
Цепь A записи 1HY0 содержит 3 домена ,цепь A записи 1I0A тоже содержит 3 домена
Координаты доменов совпадают (27-123, 195-234; 124-194, 235-364, 437-463; 365-436).
По первому домену (RMS = 0.371)(голубым 1hy0, красным 1ia0)
Хорошо совместились домены. Есть лишь небольшое расхождение.
По второму домену (RMS = 0.409)(зеленым 1hy0, красным 1ia0)
RMS больше, совмещение хуже.
По третьему домену (RMS = 0.527 )(зеленым 1hy0, красным 1ia0)
Совмещение хуже всего из трех. RMS среди трех значений самое большое.
Построим программой
PDBeFOLD (она же SSM)
структурное выравнивание цепи A из 1AKH
и цепи A из 1W0T.
Выравнивание
По данному выравниванию с помощью сервиса
Geometrical core
найдем геометрическое ядро с порогом 2 Å.
| Pos. |
1AKH_A |
1W0T_A |
| 11 |
ALA83 |
LYS389 |
| 12 |
PHE84 |
ASN390 |
| 13 |
LEU85 |
LEU391 |
| 15 |
GLU87 |
SER393 |
| 28 |
LYS100 |
TRP403 |
| 29 |
GLU101 |
SER404 |
| 30 |
GLU102 |
LYS405 |
| 31 |
VAL103 |
ILE406 |
| 41 |
THR110 |
THR416 |
| 42 |
PRO111 |
SER417 |
| 43 |
LEU112 |
VAL418 |
| 44 |
GLN113 |
MET419 |
| 45 |
VAL114 |
LEU420 |
| 46 |
ARG115 |
LYS421 |
| 47 |
VAL116 |
ASP422 |
| 48 |
TRP117 |
ARG423 |
| 49 |
PHE118 |
TRP424 |
| 50 |
ILE119 |
ARG425 |
| 51 |
ASN120 |
THR426 |
| 52 |
LYS121 |
MET427 |
| 53 |
ARG122 |
LYS428 |
| 54 |
MET123 |
LYS429 |
| 55 |
ARG124 |
LEU430 |
Совместим в PyMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам,
входящим в геометрическое ядро. (RMS = 0.865)(цепь A 1AKH покрашена в голубой цвет, цепь A 1W0T покрашена в зеленый)
Множество атомов, относящихся к геометрическому ядру:
select b1, (resi 83-85,87,100-103,110-124) and 1akh and chain a
select b2, (resi 389-391,393,403-406,416-430) and 1w0t and chain a
Красным- ядро 1w0t, зеленым- ядро 1akh
Сравним с результатом команды align на полных цепях.(RMSD = 3.231)
Совмещены только концевые спирали. RMSD очень высоко.
Выравнивание геометрических ядер дает гораздо более точные результаты, применяя pair_fit, а не align.