Пробные выравнивания

1)Определить положение фрагмента в полной последовательности

Заданный фрагмент (IPVITLDRQATKGEVVSHIASDNVL) соответствует позициям 108–132 в полной последовательности белка RBSB_Ecoli

Картинка с выравниванием:

2) Построить "наилучшее" выравнивание вручную

Выравнивание последовательностей seq1 и seq2:

>seq1 IPVITLDRQATKGEVVSHIASDNVL
>seq2 IPVFLLDRSIDVKDKSLYMTTVTADN

Исходные длины фрагментов seq1- 25 аминокислотных остатков , seq2- 26 аминокислотных остатков

Длина выравнивания 28

Вес выравнивания W=9-2*1=7, где число совпавших букв 9; штраф за пропуск равен 2;общее число пропусков равно 1

Процент идентичности двух выровненных последовательностей (отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100): (9/28)*100%=32%

3) Найти первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о.

Я использовала матрицу весов замен а.о. BLOSUM62. Будем считать близкородственными заменами те, для которых значение элемента матрицы положительно.

Первая "близкородственная" замена аминокислотных остатков встречается на 19 позиции выравнивания

Это замена V(валин(Val)) на M(метионин(Met))

Вес такой замены в соответствии с использованной матрицей равен 1

Вес этой замены не большой, составляет всего 1.Метионин и валин-похожие аминокислоты, отличаются тем, что в структуре метионина присутствует сера (отличаются свойства), которой нет в валине. Эти аминокислотные остатки являются незаменимыми в организме человека.

Дополнительные задания

1)Определить % сходства выровненных фрагментов.

Используем выровненную последовательность:

Кроме 9 совпавших букв есть еще 14 пар букв. Пользуясь матрицей BLOSUM62, определим, значение каких пар букв положительно.

Пара	Значение элемента матрицы
I-F	0
T-L	-1
Q-S	0
A-I	-1
T-D	-1
G-S	0
E-L	-3
V-Y	-1
V-M	1
S-T	1
H-T	-2
I-V	3
A-T	0
S-A	1

Получили еще 4 пары сходных букв, кроме 9 совпавших. Процент сходства выровненных фрагментов ( отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%):

(9+4)/28*100%=46.43%

2)Построить иное выравнивание 2-х заданных фрагментом с весом не хуже, чем получилось в обязательном упр.2

Построила другое выравнивание фрагментов seq1 и seq2

Вес выравнивания равен W=9-2*2=5, где число совпавших букв 9; штраф за пропуск равен 2;общее число пропусков равно 2.