Занятие 2. Программы DSSP и HBplus.

  1. Получим файл с записью PDB (PDB-код 1DBP).
    Определим вторичную структуру молекул белка, представленных в соответствующей записи, программой DSSP(скачаем уже готовый результат по FTP с ftp://ftp.cmbi.ru.nl//pub/molbio/data/dssp/). 1DBP.dssp
    Выходной файл (в данном случае 1DBP.dssp) импортируем в Excel. 1DPB.dssp в Excel

    Для A цепи белка:12 бета-тяжей, 9 альфа-спиралей

    Откроем PDB-файл в редакторе и изучим поля HELIX и SHEET.
    helix_sheet.txt Сравним два описания вторичной структуры (вычисленное DSSP и приведённое авторами записи). Имеются несовпадения номеров остатков. HELIX В PDB:105-120; 191-204; 237-252, а в DSSP: 105-119; 191-203; 237-254. SHEET В PDB: 60-63;184-188; 231-235 ,а в DSSP: 58-63; 183-188; 231-234

  2. Проанализируем колонку PHI выдачи DSSP. Перечислим остатки, имеющие положительное значение угла φ 
    (лизин 1 цепи А не учитываем, т.к. его значение угла  &phi=360, а  &phi в пределах от -180 до +180)
глицин 31 цепи А
глутамин 40 цепи А
аспарагин 41 цепи А
глицин 57 цепи А
аспарагин 82 цепи А
аспарагиновая кислота 89 цепи А
глицин 95 цепи А
глицин 121 цепи А
глицин 123 цепи А
лизин 153 цепи А
аспарагиновая кислота 163 цепи А
фенилаланин 164 цепи А
глицин 205 цепи А
аспарагиновая кислота 215 цепи А
глицин 216 цепи А
глицин 227 цепи А
глицин 254 цепи А
глутамин 271 цепи А

      Остовная модель (ribbon) цепи А. Красным цветом выделены альфа-спирали, желтым- бета-тяжи, розовым-глицины с положительным фи .


    Изображен бета-тяж 210-215 и аспарагиновая кислота 215 с углом PHI >0 (125.4)
  3. Программой HBPlus определим водородные связи в записи (файл 1DBP.hb2 получим командой hbplus 1XYZ.pdb ).
    Приведем примеры водородных связей
    а) участвующих в стабилизации вторичной структуры;

    A0033-ASN N A0002-ASP O
    б) между боковыми цепями аминокислотных остатков;

    A0020-LYS NZ A0021-ASP OD1
    в) между боковой цепью одного остатка и остовным атомом другого.

    A0015-PHE N A0013-ASN OD1

    Приведем также один пример водяных мостиков между различными остатками.

    A0002-ASP N A0287-HOH O A0031-GLY O
См. указания.