Занятие 7.

1.  Выясним и приведем в отчёте технические характеристики своейзаписи PDB 1DBP: 1DBP
   • Разрешение (RESOLUTION) - 2.20 ангстрем
   • Число рефлексов (NUMBER OF REFLECTIONS) - 12184
   • Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного)(COMPLETENESS) - NULL (0)
   • R-фактор (R VALUE) - 0.160
   • Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления (если эти данные приведены в записи)(FREE R VALUE) - NULL
   • Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) (CRYST1) - P 21 21 21
   • Длины векторов (CRYST1) a=74.840, b=88.880, c=39.860 (базисных периодов кристаллической решётки).
   • Ортогональны ли базисные периоды? (ORIGX) - да
   • Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)? (ORIGX SCALE) - да
   • Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? (REMARK 300 BIOMOLECULE) - да
   • Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? (ATOM) - нет, все 1
    
2.  Вычислите относительные координаты одного из Сα-атомов своего белка.
     Переход от ортогональных(абсолютных) к относительным координатам SCALE:

   SCALE1      0.013362  0.000000  0.000000        0.00000                         
   SCALE2      0.000000  0.011251  0.000000        0.00000                         
   SCALE3      0.000000  0.000000  0.025088        0.00000 
   

   Абсолютные координаты С&alpha атома

   ATOM      2  CA  LYS A   1      63.084  10.248  58.520

   Умножим матрицу на вектор - относительные координаты атома: 0.842928; 0.115300; 1.468150
3.  Скачаем с сервера PDBe файл с биологической единицей записи 2PUA.
   

   Асимметрическая единица
   
   
   
   Биологическая единица
   Мы не можем получить информацию о взаимодействии субъедениц, анализируя только структуру асимметрической единицы.