Занятие 9. Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO

1.  Проанализируем выдачу программы PROCHECK для своей записи PDB 1DBP. Для этого воспользуемся базой данных PDBSum и со страницы своей структуры пройдем по гиперссылке "PROCHECK" (слева).

   Скопируем в отчёт карту Рамачандрана своей структуры.
   
   

    No. of
                                           residues     %-tage
                                            ------      ------
   Most favoured regions      [A,B,L]          219       92.4%          
   Additional allowed regions [a,b,l,p]         16        6.8%          
   Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p]      0        0.0%          
   Disallowed regions         [XX]               2        0.8%*  
                                              ----      ------
   Non-glycine and non-proline residues        237      100.0%
   
   End-residues (excl. Gly and Pro)              2
   
   Glycine residues                             23
   Proline residues                              9
                                              ----
   Total number of residues                    271
   
   

   
   Видим, что два остатка попали в запрещенную область(белую)- это ASP 89 (A) и ASP 215.
   Приведем процент остатков (отличных от Gly и Pro, они обозначены голубими треугольничками), попавших в предпочитаемые области на карте (красная область). 16 остатков, отличных от Gly и Pro, попали в допустимую область, два - в запрещенную. В предпочитаемой - 219 остатков. Таким образом, процент попавших в предпочитаемую область остатков 92,4% Это значение больше 90%, что является хорошим показателем структуры.
2.  На сервере EDS зайдем на страницу своей структуры. Пройдем по гиперссылке "Significant regions" Большой Z-score по RSR имеет только один остаток 271 GLN(глутамин) RSR=0,286 . Создадим изображение этого остатка, на котором был бы видна его модель и электронная плотность вокруг него (поверхность уровня 1 электр. плот.).
   
   
   Значения:

        пространственного R-фактора (RSR)=0,286, 
        коэффициента корреляции для электронной плотности ("real-space correlation coefficient") =0,650
        Z-score пространственного R-фактора для этого остатка=2,574163. 
   

   Простр. R-фактор >10%, а Z-score >0. Это говорит о том, что действительно расположение остатка плохое (он "выбился").Как видно из картинки, остаток очень плохо вписался в электронную плотность

    

3.  Со страницы своей структуры в EDS пройдем по гиперссылке "PDB_REDO". Изучим таблички "R-values" и "WHAT_CHECK validation"
   
   

   Улучшились показатели: 
   
   R,
   R-free,
   1st generation packing quality,
   2nd generation packing quality,
   Ramachandran plot appearance,
   Chi-1/Chi-2 rotamer normality,
   Backbone conformation,
   Unsatisfied H-bond donors/acceptors
   
   Показатель Z-score ухудшился(он стал ближе к нулю по значению).
   Значения Bond length RMS Z-score,Bond angle RMS Z-score,Total number of bumps незначительно ухудшились.
   В Full WHAT_CHECK reports:  Error: Matthews Coefficient (Vm) very high