Занятие 6.

  1. Исследование доменной структуры конкретного белка

    1. Экспортировала в формате msf выравнивание-затравку (seed) для N-концевого домена Peptidase_S11 заданного белка DACA_ECOLI


      2. в формате msf.

    2. Сопоставьте доменную структуру с 3D структурой заданного белка

      3. Получила изображение 3D-структуры заданного белка (PDB id - 1hd8), в котором цветом выделены отдельные домены в последовательности:

      Домены Pfam соответствуют отдельным компактным частям структуры (структурным доменам).
      Но не полно совпадение домена, обозначенного зеленым, со структурным доменом (несовпадение- серым).

  2. Исследование эволюции отдельных доменов

    1. Опишем, как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка

      2. Откроем страничку Pfam с доменной структурой заданного белка. Щелчок по изображению конкретного домена откроет страничку с его описанием. Запишем в отчет, в организмах скольких видов встречаются белки с каждым из доменов заданного белка. Выберем один из доменов и откроем таксономическое дерево PFAM. По данным для выбранного домена заполним следующую табличку.

      Представленность домена PF00768 в организмах разных видов
      Таксон
      Количество белков с доменом PF00768.
      Эукариоты Зеленые растения(Viridiplantae)  0
      Грибы(Fungi)  0
      Животные(Metazoa)  0
      Остальные эукариоты  29
      Бактерии  3364
      Археи  0
      Таким образом, данный домен наибольшее распространение получил в Бактериях.

    2. Приведите не менее 3-х примеров разных доменных перестроек

      3. Исходная картинка:


      1)PF00768(Peptidase_S11)
      Домен PF00768(Peptidase_S11) встречается в сочетании с разными доменами (CW_binding_1,AMIN) (рис. 1 и 3), причем бывает и дупликация домена (рис. 2).



      2)Домен PF07943(PBP5_C)встречается в сочетании с разными доменами (YkuD,RmuC,UvrD-helicase)(рис. 1,2 и 3) и бывают разрывы в последовательности домена.