Занятие 1. Введение в PyMOL

Поработаем в PyMOL с записью 1KMY банка PDB. Добудем файл с записью 1KMY банка PDB. Для этого на kodomo-count выполним команду
```
 get_pdb 1kmy
```
и в текущей директории появится файл "1kmy.pdb", содержащий запись 1KMY.
Определим, какой ион присутствует в структуре. Сохраним изображение окрестности иона, включая изображение остатков и лигандов, связанных с ионом координационными связям.
```
 load 1kmy.pdb
 hide lines, symbol c+s+n+o+h
 hide nonbonded
 show spheres, not symbol c+n+o+h+s
 show sticks, byres (symbol fe around 3.5)
 ray
 png 1kmy.png
```
Изображение иона железа с его окружением:
- Рассмотрим запись 5RXN банка PDB.
  Год расшифровки 1984
  Разрешение 1.2 Ангстрем
  Изучим представленные треонины (их три остатка):
```
     load 5rxn.pdb
     hide everything, not resn thr
     show sticks, resn thr
     label resn thr and name ca,"%s-%s" % (resn,resi)
     ray
     png 5rxn.png
     
```
  Изображение треонинов:
  
  Оказалось, что конфигурация С-альфа атома двух треонинов R (кислород слева), а одного - S-конфигурация. Невнимательная работа авторов записи PDB.
- Рассмотрим запись 1GT0. Изучим участок цепи C с 75 по 100 остатки.
  Год расшифровки: 2002
  Разрешение: 2.6 Ангстрем
```
Команды: 
load 1gt0.pdb
hide everything
show sticks, chain c and resi 75-100
ray
png 1gt0.png
    
```
  Изображение цепи:
  
  Некоторые части белковой молекулы подвижны и невозможно определить их координаты при кристаллизации.Следовательно, часть цепи отсутствует , в записи PDB это указано.
```
В поле REMARK содержится запись:

REMARK 465                                                                      
REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
REMARK 465                                                                      
REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
```
- В записи 1DLP изучите остатки 136 цепи A и 167 цепи С Видим ковалентные связи.Ковал связь определяется, как расстояние между центрами атомов меньше 2 Ангстрем. А в программе не стояло должных ограничений и она восприняла как ковалентную связь. Поэтому получилось "странная" структура.
Создала скрипт для PyMOL по первому заданию второго пункта:
```
load 5rxn.pdb
hide everything, not resn thr
show sticks, resn thr
label resn thr and name ca,"%s-%s" % (resn,resi)
```
Он лежит в Practice1 (файл myscript.pml)
(*) Опишите ваши первые впечатления от PyMOL. В чём, по вашему мнению, он лучше RasMol, а в чём – хуже?