Занятие 10. Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.

1.  Для димера пуриновых репрессоров 2PUA (с сервера PDBe скачаем файл с биологической единицей записи 2PUA) создадим изображения:
   а) поверхности контакта мономера белка (цепь А) с симметричным мономером (цепь D) на фоне остовной (ribbon) модели мономера;

   create ob1, chain a+d
   select contzone, chain a and (chain d around 5)
   remove ob1 and chain d
   show surface, contzone
   set transparency, 0.3
   

   
   
   
   
   
   б) поверхности контакта димера белков(цепи A и D) с двойной спиралью ДНК (цепи C и B) на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;
   
   
   
   
   в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
    
   
   
   
   
2.  Пользуясь сервисом PROTORP, найдем:

   Площадь контакта мономеров белка из упражнения 1 (Interface Accessible Surface Area (A^2))  2570.24
        
   Какая часть этой площади приходится на гидрофобные взаимодействия(% Non-Polar Atoms Contribution to Interface)  44.18

   
    
3.  Пользуясь сервисом CluD, определим гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров того же белка объёмом не менее 10 атомов.
   Файл с гидрофобными ядрами. Был использован python-скрипт (cluster.py) для получения pymol-скрипта, показывающего разными цветами участки поверхности контакта цепей a и d (гидрофобные ядра) (3.pml). После скрипта из 1 упр. применила этот скрипт.
   
   
   
   
   
4.  На сервисе pDomains определите доменную структуру:
   а) Цепи А своего белка 1DBP;
   Результат метода dp:

   dp	1DBPA1  	1-99
   	1DBPA2 	        100-271
   

   Два метода выдали один домен (SCOP и DDomain), остальные- два домена
   
   
   
   б) цепи A белка из упр. 1.
   Результат метода dp:

   dp	2PUAA1  1-57
   	2PUAA2 	58-155
   	2PUAA3 	156-339
   

   Метод DDomaun определил один домен, SCOP- два домена, остальные- три домена.
   Метод dp
   
   
   
   Метод SCOP