Информация из банка UniProt

Информация из банка UniProt о моем белке

	Метка поля	Содержание
Коды доступа	AC	P02925;Q2M869
Идентификатор записи в БД	ID	RBSB_ECOLI
Название (краткое описание) белка	DE	Рекомендованное название: D-рибоза-связывающий периплазматический белок
Дата создания документа	DT	21-JUL-1986
Дата последнего исправления аннотации	DT	16-DEC-2008
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	12
Журнал и год самой поздней публикации	RL	название журнала:J. Biol. Chem. (том и страница:261:7652-7658 и 261:7663-7668)(год:1986)
Ключевые слова	KW	3D-structure; Chemotaxis; Complete proteome;Direct protein sequencing; Periplasm; Signal; Sugar transport;Transport.
Что содержит поле комментариев?	CC	Функция: Включен в высоко афинную(сродственную) мембранную транспортную систему D-рибозы и также работает в качестве первичного хеморецептора для хемотаксиса Субклеточное расположение: периплазм. Сходство: Принадлежит к бактериальным растворсвязующим белкам двух семейств
Идентификаторы записей PDB	DR	1BA2; 1DBP; 1DRJ; 1DRK; 1URP; 2DRI; 2GX6

Что представляют собой первые 25 аминокислотных остатков белка? данная последовательность: MNMKKLATLV SAVALSATVS ANAMA

25 аминокислотных остатков выполняют сигнальную функцию и являются сигнальной последовательностью- короткая (от 3 до 60 аминокислот) пептидная цепь, которая направляет посттрансляционный транспорт белка в соответствующую органеллу. После доставки белка к органелле сигнальный пептид может отщепляться под действием сигнальной протеазы. Сигнальные пептиды имеют характерные физико-химические свойства (гидрофобный характер: Аланин, Валин, Лейцин; наличие положительного заряда: Лизин)

Предположите, к чему приведет делеция этих остатков? Как это скажется на его функциях и локализации в клетке?

При делеции всех этих остатков сигнальная функция выполняться не будет, прекратится транспорт белка в органеллы. Белок останется в цитоплазме (не попадет в периплазму) и не будет выполнять свои функции.

Количество записей UniProt, описывающих белки примерно с тем же описанием, что и мой белок

Запрос	Число записей в SwissProt	Число записей в TrEMBL
D-ribose-binding periplasmic protein	3	86
"D-ribose-binding periplasmic protein"	3	40

Сравнительная таблица с информацией из банка UniProt со сведениями моего белка Rbsb_ECOLI и белка Rbsb_SALTY

	Метка поля	Белок Rbsb_ECOLI (мой)	Белок Rbsb_SALTY (выбранный)
Первый код доступа	AC	P02925	P0A2C5
Идентификатор последовательности в БД	ID	RBSB_ECOLI	RBSB_SALTY
Название (краткое описание) белка	DE	D-рибоза-связывающий периплазматический белок	D-рибоза-связывающий периплазматический белок
Дата создания документа	DT	21-JUL-1986	21-JUL-1986
Дата последнего исправления аннотации	DT	16-DEC-2008	16-DEC-2008
Название организма	OS	Escherichia coli (Эшерихия коли)	Salmonella typhimurium (Сальмонелла тифозная)
Классификация организма (список таксонов)	OC	Bacteria (Бактерия); Proteobacteria (Протеобактерия); Gammaproteobacteria (Гаммапротеобактерия); Enterobacteriales (Энтеробактериалес); Enterobacteriaceae (Энтеробактериция); Escherichia (Эшерихия)	Bacteria (Бактерия); Proteobacteria (Протеобактерия); Gammaproteobacteria (Гаммапротеобактерия); Enterobacteriales (Энтеробактериалес); Enterobacteriaceae (Энтеробактериция); Salmonella (Сальмонелла)
Длина последовательности	SQ	296	296
Молекулярная масса белка	SQ	30950	30963
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	12	2
Журнал и год самой поздней публикации	RL	название журнала:J. Biol. Chem.; том и страница:261:7652-7658 и 261:7663-7668; Год:1986	название журнала: J. Biol. Chem.; том и страница: 258:12957-12957; Год: 1983.
Описание вторичной структуры (Укажите, есть ли такое описание, и в чем оно состоит)	FT	координаты альфа-спиралей, бета-тяжей и поворотов	координаты альфа-спиралей, бета-тяжей и поворотов
Ключевые слова	KW	3D-structure; Chemotaxis; Complete proteome;Direct protein sequencing; Periplasm; Signal; Sugar transport;Transport	Signal; Sugar transport;Transport
Темы, освещённые в комментариях	CC	Функция: Включен в высоко афинную(сродственную) мембранную транспортную систему D-рибозы и также работает в качестве первичного хеморецептора для хемотаксиса Субклеточное расположение: периплазм. Сходство: Принадлежит к бактериальным растворсвязующим белкам двух семейств	Функция: Включен в высоко афинную(сродственную) мембранную транспортную систему D-рибозы и также работает в качестве первичного хеморецептора Субклеточное расположение: периплазм. Сходство: Принадлежит к бактериальным растворсвязующим белкам двух семейств
Особенности последовательности	FT	Signal (Сигнал); Strand (Тяж); Helix (Спираль); Turn (Поворот)	Signal (Сигнал); Chain (Цепь); Conflict (Конфликт, Столкновение)
Идентификаторы записей PDB	DR	1BA2; 1DBP; 1DRJ; 1DRK; 1URP; 2DRI; 2GX6	нет

Вывод:
Белки очень похожи (одинаковое название белка, дата создания документа, статьи о них из одних журналов, название организма,темы в комментариях, даже длины последовательностей равны), но есть существенные различия: код доступа у каждого белка свой, идентификатор послед-ти, сами последовательности хоть чуть-чуть, но различаются…неодинаковы и особенности последовательности).

Каждый белок уникален по-своему