Занятие 4.

Работаем с записью 1MNM банка PDB.

  1. Определим по полю COMPND и опишем в отчёте, цепи каких биополимеров описаны в записи и какими буквами они обозначены:
    Цепи ДНК E, F,
    Цепи A и B (MCM1 транскрипционный регулятор),C и D (MAT альфа-2 транскрипционный репрессор) - белковые 
  2. Цепь D зеленая
Цепь A красная
Цепи F,E желтые (цепи ДНК)
Синим-водородные связи между цепью A и D
Лиловым-водородные связи между цепью D и DNA
Розовым-атомы цепи D, образ. водородные связи с цепью A
Зеленым-атомы цепи D, образ-е водородные связи с DNA
Лиловым-атомы цепи A, образ-е водородные связи с D
Желтым-атомы цепи DNA, образ-е водородные связи с D



    Цепь ДНК сязана в пределах асимметрической единицы водородными связями с цепью белковой А и ДНК (цепи F,E)

  3. Изучим связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы. 
    symexp sym, 1mnm, chain D, 5
    На первом изображении видна связь цепи D с ДНК, как содержащейся в той же ассиметрической единице, так и восстанавливаемой по симметрии кристалла


    Цепь D связана с ДНК на границе двух ДНК, которые располагаются друг за другом, но связей ковалентных не образуют.


    На втором показана связь цепи D с белками из других образов ассиметрической единицы.


    Цепь D связана с двумя А цепями двух образов асимметрической ячейки.