Занятие 3. Электронная плотность.

1.  В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. Создадим изображение, на котором были бы видны обе конформации глутамина 21 цепи C и поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка.

           load 2b5a.omap, 2b5a_omap
   	load 2B5A.pdb, 2b5a_pdb
   	hide all
   	show sticks, byres c/21/
   	isomesh new_map1, 2b5a_omap, 1.0, c/21/, 1
   	color yellow, new_map1
   	isomesh new_map2, 2b5a_omap, 0.5, c/21/, 1
           set label_color, black
   	ray
   	png electr.png
   

   
   
   
   Конформации глутамина 21 цепи C и поверхности уровней 1 (желтая) и 0.5 (белая) электронной плотности в окрестности этого остатка
   Создадим аналогичное изображение для того же остатка глутамин 21 из цепи A.
   
   
    
2.  Для одного из больших аминокислотных остатков из своей структуры 1DBP создадим изображение, демонстрирующее электронную плотность вокруг проволочной модели остатка аргинина 21 цепи А .(поверхности уровней 1 (желтая) и 0.5 (белая) электронной плотности в окрестности этого остатка)