• Расчитать частичные заряды на атомах остатка, используя как заглушку метильную группу

  При подсчёте зарядов полезно использовать специальные возможности RED-vIII.4.pl
  Надо добавить директиву в p2n файл об обнулении зарядов на метильной группе-заглушке и удалении этой группы из финального Mol_m1-o1-sm.mol2 файла.
  REMARK INTRA-MCC 0.0 | 9 10 11 12 | R

• Построение записи для остатка EGL:

  Скопируем директорию силового поля в рабочую директорию:
  cp -r /usr/share/gromacs/top/amber99sb.ff/ .
  Используя файл amber99sb.ff/atomtypes.atp, определим типы атомов и начнем описание остатка EGL c директивы [ atoms ]. Заряды надо взять из пункта 2. Описание остатка добавим в конец файла amber99sb.ff/aminoacids.rtp. Имена атомов должны быть уникальны.
  Добавим описание связей. В итоге файл: aminoacids.rtp.

• Подготовка системы к МД и запуск счёта с шагом lambda 0.1.

  Построим pdb файл для димера. Можно использовать SMILE, obgen, babel. Дадим атомам имена согласно описанию остатка. Переименуем остаток и дадим остаткам соотвествующие номера.

  Проведем подготовку системы к МД в воде в пакете Gromacs. При построении ячейки сделаем отступ 1 нм. Также надо будет провести короткое md на 100 пс.

  Скрипт для запуска 10 траекторий с разным значением lambda.

Моделирование структур биополимеров