• Построение зависимости энергии молекулы от длины одной связи

  Сначала получили файл et.inp, затем скрипт. В файле bond колонки значений длин связи и энергии.

• Графики зависимости энергии молекулы от длины одной связи, построенные gnuplot

  Зададим функцию f(x)=a+k(x-b)^2 через f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b с параметрами a=-80, k=1, b=1.5.
  Подгоним коэффициенты fit f(x) "bond" via a,k,b, получим
  a=-79.7652, k=0.563608, b=1.55432

  
  Неточное совпадение точек и функции может быть из-за того, что график описывается другой функцией.

• Расчеты для валентного угла HCH

  Cкрипт. В файле bond2 колонки значений длин связи и энергии.

  Зададим функцию f(x)=a+k(x-b)^2 через f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b с параметрами a=-80, k=0,001, b=111
  Подгоним коэффициенты fit f(x) "bond" via a,k,b, получим
  a=-79.7647, k=3.56076e-05, b=111.38

  

  Здесь апроксимация с большей точностью

• Расчеты для торсионного угла d3

  Cкрипт. В файле bond3 колонки значений длин связи и энергии.

  
  Количество минимумов: 3 (правый и левый совпадают).

Моделирование структур биополимеров