На рисунке Asn46 (синий) взаимодействует с лигандом (розовый), образуя водородные связи.

Была проведена мутация Asn46 на Ala46 (белым выделен углеродный скелет), которая привела к утере водородных связей. Причем мы заменили полярную аминокислоту на гидрофобную, что могло также негативно сказаться на связывание с лигандом.

В структуре TAMRA есть карбоксильная группа, для того чтобы эта группа образовала сложноэфирную связь с белком необходима гидроксильная группа, которая есть, например, у серина. Причем, т.к. все серины белка лежат на поверхности, то я выбрала любой из них Ser81.

На рисунке TAMRA (розовым обозначен углеродный остов), Ser81 (синим обозначен углеродный остов), кислороды обозначены красным, белок - зеленым.

Скрипт