• Определение точечных зарядов с помощью набора скриптов RED на perl

  С помощью babel сделаем pdb файл этана из результатов оптимизации из предыдущего практикума.
  С помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим pdb файл.
  Ante_RED.pl et.pdb
  Получили файл Mol_red1.p2n: CHARGE-VALUE 0, MULTIPLICITY-VALUE 1. Запускаем RED: RED-vIII.4.pl.
  На выходе файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами.

• Моделирование испарение этана

  Скрипт

  Average energy

  	Жидкость		Газ
  Epsilon	LJ(kJ/mol)	Coulomb(kJ/mol)	LJ(kJ/mol)	Coulomb(kJ/mol)
  1.00000	-258.351	0.00152456	-0.000226809	-8.47463e-10
  .12500	-18.1733	-0.000409067	-0.00015805	1.42542e-09
  .03703	-3.91382	-7.84765e-05	-0.000141375	4.75998e-10
  .01562	-2.48553	0.000104315	-0.000134446	1.92557e-10
  .00800	-1.58891	-3.84787e-06	-0.000130808	-1.54302e-10
  .00462	-2.17901	-1.44029e-05	-0.000128614	4.21899e-11
  .00291	-2.15742	1.62763e-05	-0.000127182	1.23547e-10

  Для газа значения энергий VdW взаимодействий имеют порядок 10-4, а у жидкости минимальный порядок - 1.
  Кулоновские взаимодействия для обеих фаз намного меньше, чем VdW.
  Рассмотрим энтальпии испарения для VdW взаимодействий в жидкой фазе, энтальпия испарения этана при Т=25: 5.4 кДж/мол. Эпсилон водорода должна лежать в диапозоне от 0.01562 до 0.03703.

Моделирование структур биополимеров