Первый семестр Исследование аминокислотного состава белка HEMH_Bacsu с помощью программы MS Excel

Особенности аминокислотного состава белка HEMH_Bacsu

  1. Последовательность белка HEMH_Bacsu в формате FASTA
    >>sp|P32396|HEMH_BACSU
    MSRKKMGLLVMAYGTPYKEEDIERYYTHIRRGRKPEPEMLQDLKDRYEAIGGISPLAQITEQQAHNLEQHLNEI
    QDEITFKAYIGLKHIEPFIEDAVAEMHKDGITEAVSIVLAPHFSTFSVQSYNKRAKEEAEKLGGLTITSVESWY
    DEPKFVTYWVDRVKETYASMPEDERENAMLIVSAHSLPEKIKEFGDPYPDQLHESAKLIAEGAGVSEYAVGWQS
    EGNTPDPWLGPDVQDLTRDLFEQKGYQAFVYVPVGFVADHLEVLYDNDYECKVVTDDIGASYYRPEMPNAKPEF
    IDALATVVLKKLGR

  2. Длина последовательности - 310 а.о.
    aa_frequencies

  3. Молекулярная масса белка HEMH_Bacsu - 35286 а.е.м.
    MW

  4. Аминокислотный состав белка HEMH_Bacsu
    aa_frequencies
    Аминокислота Частота Самые частые кислотные остатки - Е (10,97%), A (7,74%)
    Самые редкие кислотные остатки - С (0,32%), W (1,29%)
    A 7,74%
    C 0,32%
    D 6,77%
    E 10,97%
    F 3,23%
    G 6,13%
    H 2,90%
    I 5,81%
    K 6,77%
    L 7,42%
    M 2,58%
    N 2,26%
    P 5,81%
    Q 3,87%
    R 3,87%
    S 4,84%
    T 4,52%
    V 7,10%
    W 1,29%
    Y 5,81%

  5. Средний электрический заряд молекулы: -17,5e при pH=7.0
    Charge
    Т.к. при рН=7.0 боковые группы аргинина и лизина имеют средний заряд, равный +1е, гистидина – +0.5е, а остатков аспарагиновой и глутаминовой кислот имеют средний заряд -1е, остальные аминокислотные остатки при рН=7.0 практически не заряжены.

  6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus Subtilis, а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии
    HPhob_comparison

    Диаграммы белков, по соотношению аминокислот в них по трем классам гидрофобности: 1 класс - гидрофобные аминокислоты, 3 класс - гидрофильные, 2 класс - все остальные.
    Белок HEMH_Bacsu немембранный, т.к. его диаграмма гидрофобности не соответствует диаграмме мембранного белка.

  7. Исследование гидрофобности
    HPhob_profile


    Из графика гидрофобности: самыми гидрофобными являются фрагменты 104 (18,6) и 247 (19,1) из аминокислотной последовательности, самый гидрофильный фрагмент - 18 (-44,4).

  8. Длины белков бактерии, особенности моего белка
    prot_length


    Большинство белков с количеством 200-400 аминокислотных остатков, белков длиной больше 1000 а.о. практически нет.
    Белок HEMH_Bacsu длиной в 310 а.о. является средним по длине.

 Первый семестр
© Migur