Первый семестр
Торсионные углы

Измерение торсионных углов остатка Val10 в белке HEMH_BACSU, цепь А

Название
двугранного
угла 		Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках – название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. Leu9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. Val10:A.N(азот аминогруппы 10-го остатка цепи А)
  3. Val10:A.CA(альфа атом углерода 10-го остатка цепи А)
  4. Val10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
N10 - C&alpha10 -98.97o
ψ
  1. Val10:A.N(азот аминогруппы 10-го остатка цепи А)
  2. Val10:A.CA(альфа атом углерода 10-го остатка цепи А)
  3. Val10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  4. Met11:A.N(азот аминогруппы 11-го остатка цепи А)
 C&alpha10 - C10 118.03o
ω
  1. Val10:A.CA(альфа атом углерода 10-го остатка цепи А)
  2. Val10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  3. Met11:A.N(азот аминогруппы 11-го остатка цепи А)
  4. Met11:A:CA(альфа атом углерода 11-го остатка цепи А)
 C10 -N 11 -178.76o

Угол φ

Карты Рамачандрана

С помощью карт Рамачандрана по торсионным углам можно определить вторичную структуру белка, определить какие углы не могут быть в белке. Из карт мы видим, что большинство аминокислот имеет отрицательный угол φ.
Глицин обеспечивает почти все значения из положительной области φ.
Если в бета- листы входят аминокислотные остатки с большим, положительным углом ψ, то для альфа-спиралей больше характерны маленькие отрицательные ψ.
Остатки в α-спиралях и β-листах не входят в положительную область φ.

© Migur