Второй семестр

Поисковые системы

  1. Сравнение трех форм MRS, SRS и UniProt
    Поле Features

    • MRS
      Содержится информация о длине (Length), описание (Description) и номера остатков с которых начинается (From) и заканчивается (To) цепь, металлы, альфа-спирали, бетта-повороты и др. Также имеется информация о длине цепи, ее молекулярная масса и дана сама последовательность аминокислотных остатков.

    • SRS
      В виде диаграммы представлены длина цепи, а также расположение и длины металлов, альфа-спиралей, бетта-поворотов и др. в цепи. Это же продублированно и в таблице. Дана длина цепи, ее молекулярная масса.

    • UniProt
      Указаны номера первого и последнего аминокислотных остатков, название, на диаграмме указаны места расположения металлов и диаграмма, показывающая вторичную структуру белка. Также имеется сама цепь, ее молекулярная масса.

    Во всех трех базах есть общая инфомация о белке, его название, таксономия,ссылки на статьи, различные комментарии.
    В SRS и UniProt можно посмотреть последовательность в FASTA-формате, в MRS -нельзя.

  2. Поле "Taxonomy"
    • Названия таксонов, которые начинаются на "gam"

      gambusia
      gammacoronavirus
      gammaherpesvirinae
      gammalipothrixvirus
      gammapapillomavirus
      gammaproteobacteria
      gammaretrovirus
      gammaridea

    • gammaproteobacteria - английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии".

    • В банке SwissProt 120605 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий

  3. Функция белка HEMH_BACSU: Catalyzes the ferrous insertion into protoporphyrin IX.

    Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
    protoporphyrin IX
    		 ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Comment:protoporphyrin*] & [swissprot-Comment:IX*]) | [swissprot-Comment:protoporphyrin IX*]) > parent ))
    		151
    Catalyzes the ferrous insertion into protoporphyrin IX
    		([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((((((([swissprot-Comment:Catalyzes*] & [swissprot-Comment:the*]) & [swissprot-Comment:ferrous*]) & [swissprot-Comment:insertion*]) & [swissprot-Comment:into*]) & [swissprot-Comment:protoporphyrin*]) & [swissprot-Comment:IX*]) | [swissprot-Comment:Catalyzes the ferrous insertion into pro toporphyrin IX*]) > parent ))
    		150
    ferrous insertion
    		 ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Comment:ferrous*] & [swissprot-Comment:insertion*]) | [swissprot-Comment:ferrous insertion*]) > parent ))
    		150
    ferrous
    		 ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ([swissprot-Comment:ferrous*] > parent ))
    		155

  4. Последовательности по запросу "ferrous" в fasta-формате.
© Migur Anzhela 2010