Второй семестр

Паттерны и банк Prosite

  1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей

                                                                                       
                                2 8 0                   *               3 0            
    H E M H _ W O L P P   :   D W G I C Y Q S K V G P V - - K W L E P S T E   :   2 4 4
    H E M H _ C H L M U   :   E G V L S F Q S K F G I G - - E W L V P S T K   :   2 3 3
    H E M H _ L A C C B   :   K V E M C Y Q S K F G P V - - P W L K P Y L R   :   2 4 0
    H E M H _ P S E U 5   :   Q W S V S F Q S R L G R A - - K W I E P Y T E   :   2 6 6
    H E M H _ F R A T F   :   D F E L S F Q S R F G P K - - K W L E P Y T T   :   2 5 7
    H E M H _ X Y L F M   :   E W V L G Y Q S R F G T E - - R W L Q P Y A E   :   2 4 8
    H E M H _ S H I B 3   :   K V M M T F Q S R F G R E - - P W L M P Y T D   :   2 4 8
    H E M H _ E N T 3 8   :   K V M M T F Q S R F G R E - - P W L T P Y T D   :   2 4 8
    H E M H _ B A C S U   :   E Y A V G W Q S E G N T P D - P W L G P D V Q   :   2 3 6
    H E M H _ C O R G B   :   D F D V V W Q S R S G S P H T P W L E P D I V   :   2 4 9
                                * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *                

    Фрагмент выделен внизу звездочками

    Паттерны последовательностей

    Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
    Фрагмент последовательности HEMH_BACSU Y-A-V-G-W-Q-S-E-G-N-T-P-D-x(0,1)-P-W-L-G-P-D
    2
    		 Найдено в HEMH_BACSU
    Сильный [FGVWY]-[ADEGMSV]-[ILMV]-[CGSTV]-[FWY]-Q-S-[EKR]-[FGLSV]-[GN]-[IPRST]-[AEGKPV]-x(0,2)-[EKPR]-W-[IL]-[EGKMQTV]-P-[DSY]
    95
    		 Найдены все
    Слабый [FGVWY]-{FWY}-[CILMV]-[CGMSTV]-[FWY]-[NQ]-S-[EKQR]-[FGLSVWY]-[GNQ]-[ILPRST]-[AEGKPV]-x(0,2)-[EKPR]-[FWY]-[IL]-x-P-[DEFSY]
    112
    		 Найдены все

  2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке HEMH_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site паттерн [ST] - x - [RK] неспецифична
3
PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Tyrosine kinase phosphorylation site паттерн [RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y неспецифична
2
PS00009 AMIDATION Amidation site паттерн x - G - [RK] - [RK] неспецифична
1
PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site паттерн G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} неспецифична
3
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site паттерн [ST] - x(2) - [DE] неспецифична
4
PS00534 FERROCHELATASE Ferrochelatase signature паттерн [LIVMF] - [LIVMFC] - x - [ST] - x - H - [GS] - [LIVM] - P - x(4,5) - [DENQKRLHAFSTI] - x - [GN] - [DPC] - x(1,4) - [YA] специфична
1

Второй семестр

© Migur Anzhela 2010