Второй семестр

Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

  1. Доменная структура белка B8BHC5_ORYSI по данным Pfam.


    2. В белке HEMH_BACSU только один домен - Ferrochelatase, поэтому был взят белок B8BHC5_ORYSI, содержащий два домена, в том числе и домен Ferrochelatase.

    Доменная структура белка B8BHC5_ORYSI по данным Pfam
    Cхема из Pfam:
    Пояснения к схеме
    № Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка B8BHC5_ORYSI Клан
    1. PF00561 Abhydrolase_1 Семейство доменов Abhydrolase_1 обнаружено в очень широком круге ферментов 24–139 Клан AB_hydrolase (CL0028), содержит 58 семейств, у 21 семейства неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF)
    2. PF00762 Ferrochelatase Феррохелатаза катализирует последнюю стадию в биосинтезе гема: хелатообразование иона железа с прото-порфирином IX 463–783 Клан Chelatase (CL0043), содержит 3 семейства

  2. Домены белка B8BHC5_ORYSI: частота встречаемости в различных организмах

    3. Белки с доменом Ferrochelatase встречается у 772 видов, с доменом Abhydrolase_1 у 1344 видов.

    Представленность домена PF00762 в организмах разных видов

    Таксон
    Количество белков с доменом PF00762.
    Эукариоты Зеленые растения
    20
    Грибы
    57
    Животные
    38
    Остальные эукариоты
    27
    Бактерии
    1137
    Археи
    6

    Подавляющее количество белков, содержащих домен PF00762, встречается у бактерий, для эукариот он не особо характерен и представлен у малого количества видов.

  3. Домены белков Bacillus subtilis, представленные в белке B8BHC5_ORYSI


    4. Ferrochelatase - это специфичный домен, который встречается только в белках, катализирующих биосинтез гема. В Bacillus subtilis этот домен присутствует только в одном белке.
    Abhydrolase_1 встречается в 17 ферментативных белках, довольно распространенный домен.

    Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

    № PFAM ID Bacillus subtilis
    1. Abhydrolase_1 17
    2. Ferrochelatase 1

  4. Доменные перестройки

    5. Домен PF00561 (Abhydrolase_1)

    • Домен PF00561 (Abhydrolase_1) в белке Q9HJS7_THEAC присутствует на двух разных участках последовательности: 48-122 и 150-231.

    • Домен PF00561 (Abhydrolase_1) в белке Q9ZBX8_STRCO встречается в сочетании с разными доменами.

    • Домен PF00561 (Abhydrolase_1) встречается целиком, как в белке ACOC_RALEH, либо имеет разрывы/не полностью, как в двух предыдущих примерах.

    Домен PF00762 (Ferrochelatase)

    • У A4H9A4_LEIBR: Ferrochelatase x 2 - домен разорван на два
    • Домен PF00762 (Ferrochelatase) встречается в сочетании с разными доменами, причем бывает как на N-, так и на С-конце последовательности.
      A6DTB4_9BACT:
      B8BHC5_ORYSI:

  5. Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена белка B8BHC5_ORYSI
    PF00561_seed

  6. Сравнение мотивов в разных БД.


    7. Все мотивы белка:

    1. Cамый короткий мотив: FERROCHELATASE (IPR019772, PS00534). Описан в БД: PROSITE pattern. Тип распознающего правила: паттерн.
    2. Самый длинный мотив: Ferrochelatase (IPR001015, PTHR11108). Описан в БД: PANTHER. Тип распознающего правила: профиль.
    3. Нет никаких структурных подписей, интегрированых в InterPro для белка B8BHC5_ORYSI.
    4. Границы структурных доменов отличаются от границ доменов Pfam

      Для PF00561 (Pfam):

      БД №№ а.о.
      Pfam 24-107
      Gene3D 1-220
      SuperFamily 1-220

      Для PF00762 (Pfam):

      БД №№ а.о.
      Pfam 463-783
      HAMAP 462-783
      PANTHER 374-783
      TIGRFAMs 458-784
      PROSITE pattern 652-670
      Gene3D 462-676
      SuperFamily 461-786

Второй семестр

© Migur Anzhela 2010