Программа muscle из набора последовательностей делает выравниваение. В формате FASTA мы видим расстановку гэпов. Импортировав в GeneDoc последовательности малых дельта-антигенов, можно при рассмотрении их выравнивания сделать вывод, что последовательности гомологичны. Большое количество консервативных участков, небольшое гэпов.
Консервативные участки единичны (столбцы выравнивания/номера а.о. HEMH_BACSU: 14-15/9-10, 19/14, 21/16, 29/22, 32/25, 72/47, 83-85/54-56, 96/67, 130/100, 149/117, 178/144, 181/147, 213/179, 215/181, 217/183, 219-220/185-186, 254/196, 280/218, 282-284/220-222, 293-294/230-231, 296/233, 321/258, 327/264, 329/266, 364/300, 367/303). Участков с повышенной долей консервативных позиций нет. В выравнивании достаточно участков, не несущих биологического смысла.