PSI-BLAST

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации

Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога

MINC_ECOLI P18196 5 162 0.005 0.005 885 2e-05 0.16

SSRP_ECOLI P0A832 2 514 3e-10 5.4 514 1e-31 0.34

RP5M_RHIME P17265 5 15 0.005 0.12 25 1e-14 0.030

HEMH_BACSU P32396 4 313 0.003 0.024 361 1e-35 0.007

P18196 - последовательность, для которой итерации "не сошлись". В первой итерации - 155 белков, во второй и третьей - 188. При постановки E-value = 0.001 количество итераций уменьшилось, так как в диапазоне 0,001-0,005 и выше попадаются последовательности, негомологичные искомой. А при E-value = 0.001, либо меньше, больше вероятность нахождения гомологичных последовательностей, и количество последовательностей остается не изменным после небольшого количества итераций.

Второй семестр

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	162	0.005	0.005	885	2e-05	0.16
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-10	5.4	514	1e-31	0.34
RP5M_RHIME	P17265	5	15	0.005	0.12	25	1e-14	0.030
HEMH_BACSU	P32396	4	313	0.003	0.024	361	1e-35	0.007