Комплексы ДНК-белок

Задание 1

1. Скрипт-файл с определениями множеств:
   • атомы кислорода рибозы (set1).
   • атомы кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).
   • атомы азота в азотистых основаниях (set3).

2. Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1RIO.pdb
   Скрипт-файл

   Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
   остатками 2'-дезоксирибозы	0	6	6
   остатками фосфорной кислоты	8	11	19
   остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	5	5	10
   остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

3. Схема ДНК-белковых контактов
   

   Asn56 - аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК;

Участок структуры (расшифровку названий см. на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой)	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 901-907 3' 5' 966-972 3' Всего 7 пар	предсказано 7 пар
D-стебель	5' 910-913 3' 5' 922-925 3' Всего 4 пары	предсказано 5 пар
T-стебель	5' 949-952 3' 5' 962-965 3' Всего 4 пары	предсказано 5 пар

mfold еще определил 5 пар антикодонового стебля

Третий семестр