Четвертый семестр

EC. KEGG

Белок CISY_ECOLI

  • EC код

    Код фермента EC=2.3.3.1
    EC 2 Transferases (Трансферазы)
    EC 2.3 Acyltransferases (Ацилтрансферазы)
    EC 2.3.3 Acyl groups converted into alkyl on transfer (С помощью трансферазы ацильные группы преобразуются с алкильные)
    EC 2.3.3.1 citrate (Si)-synthase (цитрат синтаза)
    Reaction: acetyl-CoA + H2O + oxaloacetate = citrate + CoA
    Участвует в цикле лимонной кислоты


    Жирной рамкой выделен фермент CISY_ECOLI

  • Метаболические пути. KEGG

    Локус гена - b0720

      Метаболические пути:
    • eco00020 Citrate cycle (TCA cycle) - цикл лимонной кислоты
    • eco00630 Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - метаболизм глиоксилата и дикарбоксилата
    • eco01100 Metabolic pathways - метаболические пути
    • eco01110 Biosynthesis of secondary metabolites - биосинтез вторичных метаболитов
    • eco01120 Microbial metabolism in diverse environments - метаболизм микробов в различных средах

      Карта метаболического пути eco00020 Citrate cycle (TCA cycle)

  • KEGG LIGAND

    L-Aspartate; L-Aspartic acid; 2-Aminosuccinic acid (L-аспартат)
    Идентификатор C00049
    		 Glycine; Aminoacetic acid; Gly (Глицин)
    Идентификатор C00037

  • Метаболический путь от одного вещества к другому

    Путь: метаболизм глицина, серина и треонина
    Цепочка: L-аспартат→L-аспартилфосфат→ L-аспартат-4-полуальдегид→Гомосерин→O-фосфо-L-гомосерин →Треонин→Глицин
    C00049, C03082, C00441, C00263, C01102, C00188, C00037

    Карта метаболического пути глицина, серина и треонина

  • Метаболические пути у разных организмов

    Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах с известными полными геномами.
    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli K-12 MG1655 да присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Archaeoglobus fulgidus да присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Arabidopsis thaliana да присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Homo sapiens да присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций

    Метаболизм глицина, серина и треонина у всех выбранных организмов идет по одному и тому же пути. Цепочка реакций одна и та же.

  • Ферменты из далеких организмов

    • Белки человека и археи Archaeoglobus fulgidus с EC 2.1.1.32

      Запрос SRS: ([uniprot-ECNumber:2.1.1.32] & ([uniprot-ID:*_HUMAN] | [uniprot-ID:*_ARCFU]))
      При поиске нужно снять опцию маски Use wildcards (ищет точно по ECNumber:2.1.1.32)
      Было найдено 3 белка: 2 из археи Archaeoglobus fulgidus, 1 - человека.

    • Доменна организация белков TMG10_ARCFU, TRM1_ARCFU, TRM1_HUMAN

      • TMG10_ARCFU
        Домены белка (PF01170, PF02926) ничего общего с другими белками не имели

      • TRM1_ARCFU

      • TRM1_HUMAN

    • KEGG (TRM1_ARCFU, TRM1_HUMAN)

      • afu:AF0815 (архея)
        Ген ame:409112 из организма Apis mellifera (honey bee);
        32,7% совпадений, 394 - перекрывание.
      • hsa:55621 (человек)
        Ген mfv:Mfer_1045 из организма Methanothermus fervidus;
        28,5% совпадений, 354 -перекрывание.
      Белки TRM1_ARCFU, TRM1_HUMAN гомологичны друг другу. Об этом говорит высокая идентичность их доменной организации.

    Четвертый семестр

    © Migur Anzhela 2011