Алгоритмы реконтрукции филогении

Занятие 3

1. Укоренение в среднюю точку

   

   Укоренение: {BACSU,LISMO,CLOTE,THETN} vs {LACDA,STRPN,PEDPA}. В начальном дереве укоренение {CLOTE,THETN} vs {LACDA,PEDPA,STRPN,BACSU,LISMO}.

2. Использование внешней группы

   Дерево, полученное программой fprotpars:

   
                       +--THETN     
        +--------------7  
        !              +--CLOTE     
        !  
     +--6              +--LISMO     
     !  !     +--------5  
     !  !     !        +--BACSU     
     !  +-----4  
     !        !     +-----PEDPA     
     1        +-----3  
     !              !  +--STRPN     
     !              +--2  
     !                 +--LACDA     
     !  
     +--------------------ECOLI     
   

   
   (((THETN,CLOTE),((LISMO,BACSU),(PEDPA,(STRPN,LACDA)))),ECOLI);

   

3. Бутстрэп

   Дерево из выходного файла программы fconsense

                                     +-------STRPN
                             +-100.0-|
                     +--56.5-|       +-------LACDA
                     |       |
             +--52.5-|       +---------------PEDPA
             |       |
             |       |               +-------CLOTE
     +-------|       +---------100.0-|
     |       |                       +-------THETN
     |       |
     |       +-------------------------------BACSU
     |
     +---------------------------------------LISMO
   
   

   Дерево, построенное построенное fprotpars
   

                    +--LISMO     
           +--------4  
           !        +--BACSU     
        +--3  
        !  !        +--THETN     
        !  !     +--6  
     +--2  +-----5  +--CLOTE     
     !  !        !  
     !  !        +-----PEDPA     
     1  !  
     !  +--------------STRPN     
     !  
     +-----------------LACDA
   

   Деревья, выданные программами fconsense и fprotpars, неукорененные, есть одинаковые тривиальные ветви, т.е. они вполне идентичны.
   Ветвь (CLOTE,THETN) присутствует как на правильном дереве, так и на выданном программой fconsense (100.0) и ветви (STRPN,LACDA,PEDPA) (56.5), (BACSU,LISMO) (52.5),
   но нет ветви (STRPN,LACDA) на правильном дереве, которую выдает fconsense как 100.0.

Четвертый семестр