Четвертый семестр

Gene Ontology

  • Терминология GO

    1. Описание функции белка HEMH_Bacsu в соответствии с GO-аннотацией

        Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
      (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
      Где? Cellular Component
      2
      		 Цитоплазма
      Зачем, для чего? Biological Process
      4
      		 Биосинтез порфирина;
      биосинтез гема
      Молекулярный механизм? Molecular Function
      5
      		 Феррохелатазная активность;
      лиазная активность;
      связывание ионов металлов
      Специфичность?
      -
      -
      -

    2. Описание терминов GO

      GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
      GO:0005737
      -
      		 cell (GO:0005623)
      cell part (GO:0044464)
      cellular_component (GO:0005575)
      intracellular (GO:0005622)
      intracellular part (GO:0044424)      		 cytoplasmic part (GO:0044444)
      pole plasm (GO:0045495)
      sarcoplasm (GO:0016528)
      GO:0006783 haem biosynthesis
      haem biosynthetic process
      heme anabolism
      heme biosynthesis
      heme formation
      heme synthesis      		 cellular process (GO:0009987); biological_process (GO:0008150); cellular metabolic process (GO:0044237); cellular nitrogen compound metabolic process (GO:0034641); heterocycle metabolic process (GO:0046483); nitrogen compound metabolic process (GO:0006807); cellular biosynthetic process (GO:0044249); cellular nitrogen compound biosynthetic process (GO:0044271); cofactor metabolic process (GO:0051186); heterocycle biosynthetic process (GO:0018130); metabolic process (GO:0008152); tetrapyrrole metabolic process (GO:0033013); biosynthetic process (GO:0009058); cofactor biosynthetic process (GO:0051188); pigment metabolic process (GO:0042440); porphyrin metabolic process (GO:0006778); tetrapyrrole biosynthetic process (GO:0033014); heme metabolic process (GO:0042168); pigment biosynthetic process (GO:0046148); porphyrin biosynthetic process (GO:0006779) heme a biosynthetic process (GO:0006784); heme b biosynthetic process (GO:0006785); heme c biosynthetic process (GO:0006786); heme O biosynthetic process (GO:0048034); negative regulation of heme biosynthetic process (GO:0070454); positive regulation of heme biosynthetic process (GO:0070455); protoporphyrinogen IX biosynthetic process (GO:0006782); regulation of heme biosynthetic process (GO:0070453); siroheme biosynthetic process (GO:0019354)
      GO:0004325 ferro-protoporphyrin chelatase activity
      heme synthase activity
      heme synthetase activity
      iron chelatase activity
      protoheme ferro-lyase (protoporphyrin-forming)
      protoheme ferro-lyase activity
      protoheme ferrolyase activity
      		molecular_function (GO:0003674);
      catalytic activity (GO:0003824);
      lyase activity (GO:0016829);
      		sirohydrochlorin ferrochelatase activity (GO:0051266)

      GO:0005737

      GO:0006783

      GO:0004325

  • Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

    Oryza (lat), Rice (eng), Рис (rus)
    Taxonomy ID: 4527
    Rank: genus
    synonym: Oryza L.

    Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Oryza (по данным UniProt)

      Количество в UniProt Количество в UniRef100
    Существование белка доказано экспериментально - -
    Известны только соответствующие транскрипты 5 5
    Гипотетический белок, предсказан по гомологии 161 139
    Иные предсказанные гипотетические белки 70 67

  • Использование GO для работы с массовыми данными

    Бактерия Acidaminococcus fermentans DSM 20731
    2026 белков в протеоме
    Всего 932 термина (64%)

    Molecular Function встречается чаще всего (56%)

      Самые часто встречающиеся термины OG
    • GO:0005524 (F)
    • GO:0006355 (P)
    • GO:0005737 (C)

    Файл Excel

  • Получение выборки последовательностей белков с функцией фосфорилирования (phosphorylation)

    GO:0016572 : histone phosphorylation (фосфорилирование гистонов)
    Biological Process

Четвертый семестр

© Migur Anzhela 2011