Практикум 1: электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным
Электронная плотность остатков Ala12, Tyr13, Lys18 (1DOZ) показана на рисунках ниже.
Для каждого остатка на отдельном рисунке показан уровень 1.0 электронной плотности
(фиолетовым цветом), на других - совмещение трех уровней 0.5 (aqua/зеленый), 1.0 (фиолетовый), 1.5 (белый).
Ala12
Tyr13
Lys18
Электронная плотность пептида Tyr13-Ala12-Met11
Использованные уровни: 0.5 (зеленый), 1.0 (фиолетовый), 1.5 (белый).
Из рисунков видно, что центры атомов соответствуют центрам сгущения электронной плотности.
Более электроотрицательные атомы, в особенности атомы пептидной связи, имеют большую электронную плотность. Пример на рисунке ниже (Tyr13 c уровнем электронной плотности 3.0).
© Migur Anzhela 2012