1. Карта электронной плотности

   
   Lys102 - пример остатка, плохо вписанного в электронную плотность.

   Уровень электронной плотности 1.0	Уровень электронной плотности 0.5

   Lys18 - пример остатка, хорошо вписанного в электронную плотность.

   Уровень электронной плотности 1.0	Уровень электронной плотности 0.5

   Lys102 плохо вписан в электронную плотность скорее всего из-за "обособленного" положения относительно других остатков белка и является подвижным остатком; в отличие от Lys18, с которым взаиможействуют другие остатки, что обеспечивает ему в кристалле строго определенное положение.
   
   На рисунке: Lys102 (желтый), Lys18 (розовый), электронная плотность уровня 1.0 (белая), другие остатки белка 1DOZ (бирюзовые).

2. Кристаллографическая ячейка 1doz

   
   В pdb-файле есть строка

   CRYST1   48.510   49.970  119.240  90.00  90.00  90.00 P 21 21 21    4

   
   И в аннотации банка pdb есть запись
   
   Из которых можно определить
   • группу симметрии:
     • название - P;
     • порядок оси симметрии - 21 21 21;
   • форму кристаллографической ячейки:
     • длины сторон параллелепипеда - 48.510 49.970 119.240,
     • углы между сторонами - 90.00 90.00 90.00;
   • Z value (количество полипептидных цепей в ячейке) - 4.

3. Окружение белковой молекулы соседями по кристаллической решетке

   
   
   С 12 белковыми молекулами контактирует исходный белок (критирий контакта – расстояние менее 5 ангстрем).

4. Файл структурных факторов

   
   Сам файл
   Количество структурных факторов, полученных в эксперименте, измеренные амплитуды рефлекса - этого всего нет в моем файле. Проведя поиск еще в структурных файлах других белков, обнаружила, что не во всех структурах есть сам этот файл, не во всех файлах есть такая информация.
   Посчитанное мной количество структурных факторов - 26 986.
   

Седьмой семестр