Описание D-аланин-D-аланиновой лигазы из генома бактерии Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293.
Целью 6 практикума является поиск и структурирование необходимой информации о выданном белке, создание сайта белка с помощью CSS
Изучение последовательности выданного белка
Мне был предложен белок, я проанализировала его аминокислотную последовательность. Данные приведены в таблице 1.
| Идентификатор белка | ABJ61391.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP000414.1 |
| Название белка | D-alanine--D-alanine ligase |
| Координаты гена в геноме | 223938..225071 |
| Длина гена (п.н.) | 1134 |
| Цепь | прямая |
| Длина белка (а.о.) | 377 |
Свой белок я нашла в базе данных NCBI по идентификатору. Затем по ссылке квалификатора DBSOURCE я перешла на страницу нуклеотидной записи, из которой был получен мой белок. Далее в настройках я выбрала параметр Show Sequence. Посмотреть аминокислотную последовательность выданного белка в формате FASTA вы можете по следующей ссылке: FASTA
D-аланин-D-аланиновая лигаза представляет собой бактериальный фермент, участвующий в биосинтезе пептидогликана,а также в метаболизме D-аланина. Основная функция - биосинтез клеточной стенки бактерии. Лигазы - ферменты, катализирующие соединение двух молекул с образованием новой химической связи. Субстратами в данной ферментативной реакции являются D-аланин и АТФ, а продуктами АДФ, фосфат и D-аланил-D-аланин. D-аланил-D-аланин является предшественником бактериального пептидогликана и представляет собой мишень для разработки новых антибактериальных препаратов.
Геномное окружение изучаемого белка
С помощью координат выданного белка, я нашла интересующую меня область генома. Затем я включила режим просмотра рамок считывания (Six frames translation). Изучения геномного окружения белка помогает понять, на какой цепи он закодирован.
Таким образом, я научилась самостоятельно добывать необходимые сведения об объекте изучения. Когда я искала информацию о моем белке, я узнала больше и других, связанных с ним соединениях и ферментах.