Визуализация 4FRU в Jmol

Horse wild-type cyclophilin B

home
Table 1. Hydrogen bonds in Alpha helix and Beta sheets (4FRU)

#

ATOM Bond length (A) Angle N-O-C (°)

Alpha helix

1 N(043PHE) - O(039VAL) 3.15 152.7
2 N(045ALA) - O(041ASP) 3.03 147.6
3 N(040VAL) - O(036VAL) 2.92 153.2

Beta sheets

1 N(062ARG) - O(070GLN) 3.51 143.2
2 N(GLN070) - O(062ARG) 2.82 174.8
3 N(068MET) - O(064ILE) 3.06 153.4

Заключение

Средняя длина водородной связи в Альфа-спирали составляет 3.03 A, а значение угла N-O-C 151.1°. В Бета-листе значения несколько больше 3.13 A и 157.1° соответственно. Результаты согласуются с теоретическими данными (типичная длина связи 3А и угол 160°). Верхний предел длины водородной связи - 3.5А, и, несмотря на маленькую выборку, было получено пограничное значение длины водородной связи в бета-листе, составляющее 3.51A.

Используемая литература

[1] http://proteopedia.org/wiki/index.php/Hydrogen_bonds

[2] http://www.els.net/WileyCDA/ElsArticle/refId-a0003011.html