Практикум 9. Выравнивания

1. Глобальное выравнивание гомологичных белков

**Таблица 1.** Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
protein name	ID1	ID2	score	% identity	% similarity	gaps	indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	814,5	51,1	66	14	4
L-Ala-D/L-Glu epimerase	AEEP_ECOLI	AEEP_BACSU	257	27,7	43,3	57	15
Argininosuccinate synthase	ASSY_ECOLI	ASSY_BACSU	369,5	25,6	43,2	94	21

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

**Таблица 2.** Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
protein	ID1	ID2	score	% identity	% similarity	gaps	indels	coverage 1 (%)	coverage 2 (%)
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	823,5	53,8	69,6	3	2	97,8	95,1
L-Ala-D/L-Glu epimerase	AEEP_ECOLI	AEEP_BACSU	263,5	31,1	47,5	24	12	93,1	85
Argininosuccinate synthase	ASSY_ECOLI	ASSY_BACSU	375,5	28,4	47,3	56	18	89,3	95

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

**Таблица 3.** Характеристики глобального и локального парного выравнивания пары негомологичных белков
ID1	ID2		score	% identity	% similarity	gaps	indels	coverage 1 (%)	coverage 2 (%)
3PASE_ECOLI	4OT_BACSU	глобальное	19	3	7,1	375	4	-	-
3PASE_ECOLI	4OT_BACSU	локальное	27	33,3	72,2	1	1	4,2	27,4

Исходя из результатов глобального выравнивания можно сделать вывод подтверждающий негомологичность выбранных белков: очень низкие проценты идентичности и большое количество гэпов.

Что касается локального выравнивания, то оно тоже доказывает неродственность, так как найден довольно короткий "одинаковый участок".

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для множественного выравнивания я искала белки с мнемоникой ACCA_*. в Swiss-Prote таких нашлось 463.

Отбирались белки по принципу популярности (те известности мне:)) организма, из которого они были получены. Таким образом, в выравнивании участвовали ACCA_ECOLI (Escherichia coli), ACCA_BACSU (Bacillus subtilis), ACCA_SALTY (Salmonella typhimurium), ACCA_SHIFL (Shigella flexneri), ACCA_YERPE (Yersinia pestis), ACCA_PORPU (Ulva purpurea) и ACCA_CYACA (Cyanidium caldarium).

Множественное выравнивание было построено в Uniprot, а раскрашено в Jalview.

Ссылка на скачивание проекта Jalview

С моей точки зрения, белки выровнялись очень хорошо (индель всего один: 32-34) и являются гомологичными.

Для создания более идеальной картины стоит исключить белки из водорослей (ACCA_PORPU и ACCA_CYACA): они имеют наименьшее сходство и зачастую "укорачивают"консервативные участки.

Наиболее консервативными участками являются 80-84, 104-110, 135-152, 161-193 (не идеален, но стремиться), 205-214.