С помощью программы fiber пакета 3DNA построена A-, B- и Z-форму дуплекса ДНК (ATGC).
На рисунках представлена визуализация PDB (1tne (Z-form); 1bna (B-form); 3v9d (A-form)).
С помощью MarvinSketch отображена структура цитозина (рисунок 4). Цветом обозначено, какими атомами цитозин (конкретно, цитозин 9) обращен к малой и большой бороздкам. Таким образом, в сторону большой бороздки обращены атомы C9.C4, C9.C5, C9.C6. В сторону малой бороздки обращены C9.N1, C9.C2, C9.N3.
Таблица по изучению структур различных форм ДНК ниже.
| A | B | Z | |
|---|---|---|---|
| тип спирали | правозакрученная | правозакрученная | левозакрученная |
| шаг | 28.03 | 33.75 | 43.5 |
| кол-во оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| ширина большой бороздки | 16.81(19:A.P-24:B.P) | 17.21(4:A.P-34:B.P) | 15.2(14:A.P-11:B.P) |
| ширина малой бороздки | 7.98(25:B.P-10:A.P) | 11.69(38:B.P-7:A.P) | 8.68(11:A.P-35:B.P) |
Нумерация нуклеотидов начинается с 901 номера, так как PDB содержит и структуру аргинил-тРНК синтетазы. Далее для удобства будет использованиться нумераци, где 1 -- это 901, 2 -- 902...
Все данные про основания можно найти в таблице ниже.
| № основания | № основания | |
|---|---|---|
| стебель | 1-7 | 72-66 |
| 49-53 | 65-61 | |
| 39-44 | 31-26 | |
| 10-13 | 25-22 | |
| не стебель | 54 | 58 |
| 55 | 17 | |
| 14 | 8 | |
| 15 | 48 | |
| 18 | 56 | |
| неканон | 1 | 72 |
| 5 | 68 | |
| 54 | 58 | |
| 55 | 17 | |
| 43 | 27 | |
| 44 | 26 | |
| 13 | 22 | |
| 14 | 8 | |
| 15 | 48 |