Я предсказывала вторичную структуру тРНК (PDB ID: 1F7V) с помощью программы einverted из пакета EMBOSS, а также ViennaRNA по алгоритму Зукера, затем сравнила полученные предсказания с описанием, найденным ранее программой find_pair. Результаты сравнения можно увидеть в таблице, приведенной ниже.
Результаты приведены в таблице ниже:
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted* | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5’-901-907-3’, 5’-966-972-3’. Всего 7 пар | - | Предсказаны 7 пар из 7 |
| D-стебель | 5’-910-913-3’, 5’-922-925-3’. Всего 4 пары | - | Предсказаны 4 пары из 4 |
| T-стебель | 5’-949-952-3’, 5’-962-965-3’. Всего 4 пары | - | Предсказаны 3 пары из 4 |
| Антикодоновый стебель | 5’-27-31-3’, 5’-39-43-3’. Всего 5 пар | - | Предсказаны 4 пары из 5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | Всего 20 пар | Всего 8 пар | Всего 18 пар |
Теперь чуть подробнее о механизмах и результатах. Для предсказания структуры с помощью einverted я использовала параметры по умолчанию. А результат алгоритма Зукера предствлен на картинке ниже:
Все три скрипта доступны для скачивания по ссылкам 1, 2, 3
Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1rio.pdb
| Контакты атомов белка с | полярные | неполярные | всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 2 | 20 | 22 |
| остатками фосфорной кислоты | 29 | 89 | 118 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 19 | 38 | 57 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 2 | 2 |
Как видно из таблицы, большинство контактов ДНК с белком неполярные. Также со стороны большой бороздки контактов больше, чем с малой.
Схему контактов, полученную с помощью программы nucplot, можно скачать по ссылке.
Наиболее важным для распознавания последовательности ДНК аминокислотным остатком является Thr397, так как он образует наибольшее число контактов с разными основаниями (один контакт с цитозином и один с аденином). Были и другие важные аминокислотные остатки: Lys5, Glu(399)H и Mse(43)A.
Ниже представлены рисунки показывающие взаимодействие Lys5 (рисунок 2) и Mse(43)A (рисунок 3)
Рисунок 2. Lys5
Рисунок 3. Mse(43)A