Ну го, так го...
Для начала работы я скачала файл. А дальше загрузила его в первую базу Reactome.
Выдача не заставила себя долго ждать, что приятно. Так вот, на экране появилась карта (она же на рис.1), которая сообщила мне, что "мои" белки все целиком и полностью связаны с обменом веществ, а именно метаболизмом белков.
Рисунок 1. Карта встречаемости по категориям.
Смотря на эту картинку, утопая в серости, я приблизилась к свету в конце тоннеля (желтому окошку "трансляция" (рис.2)). Получается, странные аббревиатуры из файла скрывали за собой ферменты работающие с тРНК.
Рисунок 2. Кластер "Трансляция"
Примерно с чем имеем дело разобрались, но хочется чего-то большего, а именно конкретики. Для этого я использовала другую базу данных -- GO. Поиск информации в ней начался с загрузки файла и настроек по умолчанию (biological process & Human). После открывается таблица с описанием всех "моих" белков, из которой можно узнать чуть больше о функционале. Поразительно (хотя у меня были такие мысли...:)), но это всё тРНК лигазы соответствующие разным аминокислотам, но не только... Помимо вышеупомянутых ферментов, локализованных в цитоплазме, есть митохондриальная метионин-метилтрансфераза, которая, конечно, тоже похожа.
Но записей всего 21, значит ферманта для какой-то аминокислоты нет, что вообще-то странно, так много дали, а один забыли... При дальнейшем чтении таблицы я заметила, что есть забавная бифункциональная лигаза (к глутаминовой кислоте и пролину). На самом деле, меня это удивило, тк они сильно разные (одна заряженная, другая нет...), поэтому, спасибо кликабельности сайта, я быстро залезла в Uniprot и почитала побольше. Оказалось, что эта лигаза всё же преимущественно работатет с глутаминовой кислотой и входит в компелксы для работы с пролином.
*база данных с красивыми картинками)))
Залезла я в эту базу данных исключительно из-за красивой карты "взаимоотношений" белков. Она представлена на рисунке 3.
Рисунок 3. Карта взаимодействий белков из списка
Это очень милая картинка, где аккуратненько вписаны структурки в узлы и показыны связи между белками разной степени полезности. Если что на моём рисунке выключена связь "соупоминание в тексте", так как мне показалось это довольно глупой и нагромождающей штукой в моём случае, ведь всем и так ясно, что про них будут писать в одинаковых работах...
Также эта карта наглядно показывает единственный немного отличающийся белок MTFMT (да-да тот митохондриальный). Ещё одна картинка иллюстрирующая его отклонение от других нашлась в разделе viewers/coexpression (рисунок 4). На ней видна "пустая строчка" напротив MTFMT, что означает отсутствие предполагаемой функциональной связи. Это с одной стороны вполне логично (у них основная локализация в разных компартментах), но с другой сторны, в митохондриях вообще-то тоже есть трансляция...
Рисунок 4. Коэкспрессия белков
да.
На самом деле, все базы приятны и кликабельны и вероятно даже будут мне полезны в курсовой и по жизни, хотя мне "мокрые" вещи ближе)
Лайк праку.